一个高效的稀疏矩阵转换算法，COO格式转换为DIA格式

COO格式的矩阵存储格式为：

VAL:存储矩阵的值，VAL[x]表示索引为x的值

INDX:存储行的索引值，例如INDX[x]表示索引为x的值其在矩阵中的行号

JNDX:存储列的索引值，例如JNDX[x]表示索引为x的值其在矩阵中的列号

DIA格式的矩阵存储格式为：

VAL:存储矩阵的值，VAL[x]表示索引为x的值,其中,不足lda长度的对角线需要补零，上三角补后面，下三角补在最前面

INDX:存储对角线的偏移值，例如INDX[x]表示索引为x的对角线其在矩阵中的相对中心对角线的偏移值，大于零位于上三角部分，等于零即中心对角线（最长的那根），小于零位于下三角部分

VAL[行号,列号]<=>VAL[对角线偏移，线内索引]:

上三角：行号=线内索引号，列号=对角线偏移+线内索引

下三角：行号=-对角线偏移+线内索引，列号=线内索引

函数参数含义

m：矩阵总行数

n：矩阵总列数

VAL：COO格式的矩阵非零元元素的值

n_VAL：矩阵的非零元个数

INDX：矩阵行索引

JDNX：矩阵列索引

LDA：对角线长度

NDIAG：对角线数量

代码如下：

void dpre_usconv_coo2dia  (int m,int n,double* VAL,int n_VAL,int* INDX,int* JNDX,int* LDA,int* NDIAG)
{
  *NDIAG=0;
  *LDA=m<n?m:n;
  int num_rows,num_cols,num_nonzeros;
  int i,ii,jj,offset,map_index,complete_ndiags,VAL_DIA_size;
  const int unmarked = -1;
  num_rows = m;
  num_cols = n;
  num_nonzeros = n_VAL;
  complete_ndiags = 0;
  int* diag_map = (int*)malloc(sizeof(int)*(num_rows+num_cols));     //mark the diags
  int* diag_offset = (int*)malloc(sizeof(int)*(num_cols+num_rows));
  memset(diag_map,unmarked,sizeof(int)*(num_rows+num_cols));
  memset(diag_offset,unmarked,sizeof(int)*(num_rows+num_cols));

  for(i=0;i<num_nonzeros;i++){
    ii = INDX[i];
    jj = JNDX[i];
    map_index = num_rows-ii+jj;            //used to find the same diag
    if(diag_map[map_index] == unmarked){        
      diag_map[map_index] = complete_ndiags;
      diag_offset[map_index] = jj - ii;             //get index of diags
      complete_ndiags++;                 //number of diags
    }
  }
  *NDIAG = complete_ndiags;
  VAL_DIA_size=(*NDIAG)*(*LDA);
  int* IDIAG=(int*)malloc(sizeof(int)*(complete_ndiags));
  double* VAL_DIA=(double*)malloc(sizeof(double)*VAL_DIA_size);
  memset(IDIAG,0,sizeof(int)*(complete_ndiags));
  memset(VAL_DIA,0,sizeof(double)*VAL_DIA_size);
  for(i=0;i<num_rows + num_cols;i++){
    if(diag_map[i] != unmarked){
      IDIAG[diag_map[i]] = diag_offset[i];     //offset of diags
    }
  }

  // for(i=0;i<complete_ndiags;i++){
  //   printf("%d\t",IDIAG[i]);
  // }

  for(i=0;i<num_nonzeros;i++){    //get values of every diag
    ii = INDX[i];
    jj = JNDX[i];
    map_index = num_rows-ii+jj;
    int diag = diag_map[map_index];
    if((*LDA)-(num_rows-ii)>0){
      offset=(*LDA)-(num_rows-ii);
    }else{
      offset=0;
    }
    VAL_DIA[diag*(*LDA)+offset] = VAL[i];
  }

  // for(i=0;i<VAL_DIA_size;i++){
  //   printf("%lf\t",VAL_DIA[i]);
  // }
  free(diag_map);
  free(diag_offset);
  //把结果的值拷贝到VAL，INDX中
  //其中VAL_DIA中存放斜线中的值
  //INDX中存放斜线号与斜线的偏移值
  VAL=VAL_DIA;
  INDX=IDIAG;
  free(IDIAG);
  free(VAL_DIA);
}