RDKit | 基于RDKit描述三维分子形状（3D描述符）

最新推荐文章于 2023-07-12 11:18:42 发布
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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： RDKit 化学信息学 Python 3D描述符
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本文链接：https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/102627024
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本文探讨了3D分子描述符的重要性和应用，包括RDKit中的Fsp3（sp3碳比例）作为分子复杂性的指标，PMI图用于可视化分子形状，以及PBF（最佳拟合平面）描述符通过原子与平面的偏差表达分子的三维度。这些描述符在化学信息学和药物发现中发挥关键作用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

        近年来，表达分子的三维特征变得越来越重要。已经提出了许多3D描述符，这次将介绍它们中经常使用的三个，Fsp3，PMI和PBF。

Fsp3是分子复杂性的指标

        二甲基吡啶及其不饱和化合物二甲基哌啶中可以存在多少种异构体？答案是前者有5种，而后者有34种，包括旋光异构体。由于分子量几乎相同，因此简单地将芳族化合物更改为脂肪族化合物会增加分子的复杂性，并大大扩展了化合物可以覆盖的化学空间。

        2009年，Lovering及其同事提出了一个名为sp3碳（Fsp3）

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