RDKit | 基于RDKit进行构象搜索：构型异构体生成和MMFF聚类

最新推荐文章于 2024-04-30 09:54:01 发布
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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： python RDKit 化学信息学 构想搜索
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构象搜索对于理解分子稳定构象及其能量差异至关重要。RDKit提供了一种改进的距离几何方法（ETKDG）进行构象生成和聚类。本文详细介绍了如何使用RDKit进行构象搜索，包括构象生成、消除相同构象异构体以及应用DBSCAN聚类。此外，还展示了使用py3Dmol进行可视化的方法。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

构象搜索

构象搜索是尝试获取大量分子的稳定构象列表并计算以最稳定结构为中心的构象子之间的能量差。

具体而言，通常采取以下步骤。

  1. 在计算机上创建目标分子的结构；
  2. 以某种方式生成大量分子构象异构体；
  3. 使用低级计算方法（例如分子力学和半经验分子轨道方法）对所有构象异构体进行结构优化；
  4. 检查优化的结构并排除相同的构象异构体；
  5. 使用更精确的量子化学计算对获得的构象异构体进行结构优化和能量计算。

某些情况下，在步骤3之前和之后，假设其丰度低，则可以删除具有某个阈值能量或更高阈值能量的结构。无论如何，重点在于如何有效地获得结构多样的构象异构体。

 

构象搜索的重要

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