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RSS订阅原创 CentOS7 关闭防火墙
每次远程连接Jupyter Notebook，都被禁止访问需要临时关闭防火墙。CentOS7版本防火墙默认使用firewalld#临时关闭systemctl stop firewalld#禁止开机启动systemctl disable firewalldRemoved symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/firewalld...
2018-05-31 17:44:14
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原创 CentOS7.5（64位）安装Anaconda
一、获取Linux版的Anaconda安装包1.官网点击打开链接https://www.anaconda.com/download/2.Anaconda开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/二、安装Anaconda1.运行安装su root sh Anaconda3-5.1.0-Linux-x86_64.sh2.接...
2018-05-29 18:25:40
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原创 Python3学习笔记（二）:基本数据类型
Python 中的变量不需要声明，每个变量在使用前都必须赋值，变量赋值以后该变量才会被创建。Python 中，变量就是变量，它没有类型，我们所说的"类型"是变量所指的内存中对象的类型。等号（=）用来给变量赋值。等号（=）运算符左边是一个变量名,等号（=）运算符右边是存储在变量中的值。例：#!/usr/bin/python3 counter = 10 # 整型变量miles ...
2018-05-29 00:03:55
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原创 深度学习在药物发现领域的兴起
翻译《The rise of deep learning in drug discovery》摘要过去的十年中，深度学习(DeepLearning，DL)在各种人工智能研究领域取得了显着的成功。从以前对人工神经网络的研究演变而来，该技术在诸如图像和语音识别，自然语言处理等领域表现出优于其他机器学习（Machine Learning，ML）算法的性能。近年来，深度学习在医药研...
2018-05-28 17:11:18
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原创 Python之%s%d%f
%s 字符串string="hello" #%s打印时结果是hello print ("string=%s" % string) # output: string=hello #%2s意思是字符串长度为2，当原字符串的长度超过2时，按原长度打印，所以%2s的打印结果还是hello print ("string=%2s" % string...
2018-05-28 15:26:39
7133
原创 Python3学习笔记（一）:基础语法
Python 是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。Python 是一种解释型语言： 这意味着开发过程中没有了编译这个环节。类似于PHP和Perl语言。Python 是交互式语言： 这意味着，您可以在一个Python提示符，直接互动执行写你的程序。Python 是面向对象语言: 这意味着Python支持面向对象的风格或代码封装在对象的编程技术。Python 是初学者的语言...
2018-05-28 15:05:51
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原创 数据挖掘与数据分析
一、数据挖掘和数据分析概述数据挖掘和数据分析都是从数据中提取一些有价值的信息，二者有很多联系，但是二者的侧重点和实现手法有所区分。数据挖掘和数据分析的不同之处：1、在应用工具上，数据挖掘一般要通过自己的编程来实现需要掌握编程语言；而数据分析更多的是借助现有的分析工具进行。2、在行业知识方面，数据分析要求对所从事的行业有比较深的了解和理解，并且能够将数据与自身的业务紧密结合起来；而数...
2018-05-28 13:58:14
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转载 Python & 机器学习之项目实践
机器学习是一项经验技能，经验越多越好。在项目建立的过程中，实践是掌握机器学习的最佳手段。在实践过程中，通过实际操作加深对分类和回归问题的每一个步骤的理解，达到学习机器学习的目的。预测模型项目模板不能只通过阅读来掌握机器学习的技能，需要进行大量的练习。本文将介绍一个通用的机器学习的项目模板，创建这个模板总共有六个步骤。通过本文将学到：端到端地预测(分类与回归)模型的项目结构。如何将前面学到的内容引入...
2018-05-28 13:26:51
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原创 药物设计的深度学习
摘要过去的十年中，深度学习（deeplearning, DL）方法已经非常成功并广泛用于开发几乎每个领域的人工智能（AI）。与传统的机器学习（machine learning, ML）算...
2018-05-27 10:00:00
3422
原创 药物设计的深度学习(Deep Learning for Drug Design)
翻译《Deep Learning for Drug Design: an Artificial Intelligence Paradigm for DrugDiscovery in the Big Data Era》摘要过去的十年中，深度学习（deeplearning, DL）方法已经非常成功并广泛用于开发几乎每个领域的人工智能（AI）。与传统的机器学习（machine...
2018-05-27 00:58:11
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原创 深度学习在小分子药物研发中的应用
一、深度学习在小分子药物研发中的应用二、深度学习工具TensorFlow Python https://www.tensorflow.org/Torch Lua http://torch.ch/Theano Pyt...
2018-05-26 20:13:38
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原创 Windows 10下安装Anaconda（Anaconda3-5.1.0）
一、获取Win的Anaconda安装包1.官网https://www.anaconda.com/download/2.开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/二、安装过程1.运行安装包，点击Next；2.点击I Agree；3.点击Next；4.选择安装路径，点击Next；5.勾选配置环境变量，点击Next；6.安装结束，...
2018-05-25 19:18:05
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原创 Windows 10下安装Miniconda3
一、获取win的Miniconda3安装包1.官网https://conda.io/miniconda.html2.开源镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/二、安装过程1.运行安装包，点击Next；2.点击 I Agree3.点击Next；4.选择安装路径，点击Next；5.选择添加环境变量，点击Install；6.点...
2018-05-25 17:50:05
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原创 计算化学的深度学习
摘要人工神经网络的兴衰在计算机科学和计算化学的科学文献中都有详细记载。然而近二十年后，我们现在看到了对深度学习兴趣的复兴，这是一种基于多层神经网络的机器学习算法。在过去的几年里，我们看到...
2018-05-25 00:06:57
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原创 创建独立的Python化学信息学环境
一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装，不赘述，网上很多教程。二、创建Python3.x虚拟环境conda create -n pydd36 python=3.6 conda三、测试环境#激活虚拟环境source activate pydd36#使用openbabel和RDKitimport openbabel, pybelfrom rdkit...
2018-05-23 14:49:56
2836
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转载 设置Win可远程访问服务器jupyter notebook
首先是要 安装 Anaconda 。默认情况下，安装好 Anaconda 后打开 jupyter notebook, 访问本地 localhost:8888 即可。但是如果要访问另一台机器，比如远端服务器上的 notebook, 即默认是不支持 172.104.105.119:8888 这样的访问，需要额外配置。设置 jupyter notebook 可远程访问的官方指南在这里，在远端服务器上执行...
2018-05-22 20:06:15
2480
原创 Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8‘ not found (required by /usr/anaconda3/bin/）
###Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/anaconda3/bin/../lib/./libicui18n.so.58)###strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep CXXABIstrings /usr/anaconda3/l...
2018-05-22 19:51:53
5294
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转载 centos7 选定默认启动内核，及删除无用内核
#使用cat /boot/grub2/grub.cfg |grep menuentry 查看系统可用内核[root@bigapp-slave27 ~]# cat /boot/grub2/grub.cfg |grep menuentryif [ x"${feature_menuentry_id}" = xy ]; then menuentry_id_option="--id" menu...
2018-05-18 16:14:24
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原创 Win或Linux系统下用conda安装Open Babel
一、安装Anaconda或Miniconda二、利用conda安装openbabelconda install -c openbabel openbabel
2018-05-17 22:54:02
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原创 RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd
使用旋转计算两个分子的均方根偏差（RMSD）使用Kabsch算法（1976）或Quaternion算法（1991）进行旋转，在两个笛卡尔坐标之间.xyz或者.pdb格式中计算均方根偏差（RMSD），从而得到最小的RMSD。一、安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装，不赘述，网上很多教程。二、通过conda安装rmsdpip install rmsd或python -...
2018-05-17 13:17:14
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原创 RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD
计算两个小分子之间的RMSD，可以用来判断两个构象的接近程度。第一步：安装AnacondaWin或者Linux系统下Anaconda安装，不赘述，网上很多教程。第二步：安装RDKit通过conda安装RDKitconda install -c rdkit rdkit第三步：使用方法python isoRMSD.py mol1.pdb mol2.pdb rmsd.txt***************...
2018-05-17 11:48:52
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原创 UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备
准备蛋白质分子的表面文件（Chimera）打开rec_noH.pdb，Action>Surface>showTools>Structure Editing>Write DMS ，保存为rec.dms生成受体空间（DOCK6.8)将INSPH文件放入对接文件夹；INSPHrec.dmsRX0.04.01.4rec.sph
2018-05-17 11:27:33
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7
RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf
2019-12-26
基于神经网络的溶解度预测和回归分析的数据集文件
2018-09-16
pymol-2.1.0-cp36-cp36m-win
2018-05-18
2017-Bioinformatics-Volume II- Structure, Function, and Applications
2018-05-18
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