2018年09月_DrugAI

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原创基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题，尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能...

2018-09-16 17:25:35 1600

原创 RDKit | 基于神经网络的溶解度预测和回归分析

人工智能是一个主题，尝试使用神经网络作为模型建立化合物物理性质的预测模型。机器学习库是由Google开发和使用的TensorFlow。Keras是一个使TensorFlow的神经网络功能更易于使用的软件包。<数据集文件见：https://download.csdn.net/download/u012325865/10670205>神经网络神经元神经元是神...

2018-09-16 17:04:08 3784 1

原创 RDKit：化合物亚结构（Substructure）搜索（基于Python3）

代码示例：#导入依赖包#!/usr/bin/python3from rdkit.Chem import AllChem as chfrom rdkit.Chem import Draw as d#载入分子库suppl = ch.SDMolSupplier('drugbank.sdf')mols = [x for x in suppl if x is not None...

2018-09-12 18:23:16 4079

原创 Python3连接PostgreSQL（10.5）数据库

一、Psycopg简介Psycopg是Python编程语言中最流行的PostgreSQL数据库适配器。它的主要功能是完整实现Python DB API 2.0规范和线程安全（多个线程可以共享相同的连接）。它专为大量多线程应用程序而设计，可以创建和销毁大量游标并创建大量并发“INSERT”或“UPDATE”。Psycopg 2主要在C中作为libpq包装器实现，从而既高效又安全。它具有客户端...

2018-09-10 16:27:32 30804

原创 PostgreSQL10.5安装后（Win10）环境变量配置与运行

一、PostgreSQL10.5安装后（Win10）环境变量配置安装见：PostgreSQL10.5安装详细步骤（Win10）需要设置环境变量，包括三项：data存放路径，lib以及bin目录 C:\PostgreSQL10\data (data的安装目录是可选的，例子是放在安装目录的data文件夹) C:\PostgreSQL10\lib ...

2018-09-09 16:15:51 16175 3

原创 PostgreSQL10.5安装详细步骤（Win10）

一、PostgreSQL安装：1. 获取安装包https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads2. 开始安装3. 选择程序安装目录4、选择数据存放目录5、输入数据库超级用户和创建的OS用户的密码注：数据库超级用户是一个非管理员账户，这是为了减少黑客利用在 Post...

2018-09-09 14:53:43 32023 3

原创 Biopython：Fasta格式转CSV格式

Fasta格式转CSV格式#载入数据meta=[]sequence=[]seq = ('ls_orchid.fasta')for seq_record in SeqIO.parse(seq, "fasta"): meta.append(str(seq_record.id)) sequence.append(str(seq_record.seq))#print(...

2018-09-08 19:06:45 2995

原创基于机器学习的化合物活性预测模型

利用化合物的结构与活性数据，基于RDKit和Python3的机器学习活性预测模型小示例。代码示例：#导入必须的包#!/usr/bin/env python3from rdkit.Ch...

2018-09-06 22:00:00 4338

原创 RDKit | 基于机器学习的化合物活性预测模型

主成分分析（Principal Component Analysis，PCA） PCA是非常经典的降维算法，属于无监督降维，做机器学习的应该都有所了解。但是，除了基本的PCA推导和应用之外，还有SparsePCA、KernelPCA、TruncatedSVD等等，另外PCA和特征值、奇异值的关系以及SparsePCA和字典学习（Dict Learning，Lasso）的关系等等，...

2018-09-06 21:23:45 7195 3

原创化学结构格式SDF的认识

第一行：一般作为分子名字，如 Levetiracetam第二行：注释，ChemDraw06111413562D第三行：一般是空行第四行：是原子个数键的个数等的起始行。M END所在行结束原子个数键的个数等信息。属性1属性1值空行属性2属性2值空行(以四个美元符号结束一个分子的信息存储。)Levetiracetam ChemDraw0...

2018-09-04 15:19:34 13541 2

原创基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。代码示例(仅供参考)：# In[1]:导入依赖包from rdkit import Chem, DataStructs...

2018-09-03 00:03:00 1687 1

原创 RDKit：基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。《仅供参考》# In[1]:导入依赖包from rdkit import Chem, DataStructsfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptorsfrom rdkit.Chem impor...

2018-09-02 20:57:13 3733 6

原创 RDKit：基于分子文件输出分子结构

#!/usr/bin/python3from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawspl = Chem.SDMolSupplier('molecules.sdf') #读入分子库mols = []for mol in spl: mols.append(mol)# 获取前十个分子mols = mols[:10]...

2018-09-02 19:16:13 6663 11

RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf

开源化学信息学工具包RDKit的手册。RDKit提供各种功能，如不同的化学I/O格式，包括SMILES/SMARTS，结构数据格式（SDF），Thor数据树（TDT），Sybyl线符号（SLN），mol2和蛋白质结构文件（PDB）。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持；化学转化；化学反应；分子序列化；相似性/多样性选择；二维药效团；三维维药效团；分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架；逆合成组合分析及分子碎裂（RECAP）; 多分子最大共同亚结构；功能图；基于形状的相似性；基于RMSD的分子比对；基于形状的对齐；使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对；与PyMOL进行3D可视化集成；功能基团过滤；分子描述符库；相似图；机器学习等等

2019-12-26

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