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原创 bcftools安装

编译安装bcftools：tar xvf bcftools-1.9.tar.bz2cd bcftools-1.9./configure --prefix=/opt/bcftools1.9makemake install编译安装Bcftools：gedit ~/.bashrc #Samtools1.9export PATH=/opt/bcftools1.9/bin...

原创 氨基酸周期表

原创 Samtools（CentOS Linux）安装及常用命令详解

序列比对（将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对）是高通量测序数据分析中最重要的一环，无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的，比对结果格式比较常见的是s...

原创 Samtools安装及常用命令详解

Samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍下载安装包：http://www.htslib.org/download/安装依赖：yum install bzip2-devel ncurses-libs ncurses-devel xz-devel zlib-devel编译安装Samtools：tar xvf samto...

转载 差异表达基因-火山图和聚类图解释

想研究某现象的分子机制，老板豪气的来一句，先测个转录组吧，看下差异表达基因。是否在心里窃喜，制个样就完事了，太easy有木有。等大堆数据回来的时候，是不是傻眼了？从何下手挑选差异表达基因呢？今天就先来聊聊如何看差异表达基因数据，火山图，聚类图又怎么看。1差异基因筛选方法那差异基因是如何筛选出来的呢？差异基因的筛选方法有很多，包括倍数法、T检验、F检验及SAM等。下面简单介绍一下GCBI...

原创 Windows10下安装配置 perl 环境

Perl 是 Practical Extraction and Report Language 的缩写，可翻译为 "实用报表提取语言"。Perl 是高级、通用、直译式、动态的程序语言。Perl 最初的设计者为拉里·沃尔（Larry Wall），于1987年12月18日发表。Perl 借用了C、sed、awk、shell脚本以及很多其他编程语言的特性。Perl 最重要的特性是Perl...