2019年08月_DrugAI

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原创 Survey | 基于图卷积网络的药物发现方法

作者丨王建民单位丨超级计算长沙中心，湖南大学研究方向丨药物设计、生物医药大数据本期介绍2019年6月发表在Briefings in Bioinformatics的综述，该综述由康奈尔大学...

2019-08-29 11:50:00 2571

原创 Nature | 基于深度神经网络和改进的片段测序方法从头预测蛋白质结构

作者丨王建民单位丨超级计算长沙中心，湖南大学研究方向丨药物设计、生物医药大数据Nature子刊 Machine Intelligence发布了八月份最新接收论文，共4 篇。一篇是清华生命...

2019-08-27 09:58:37 3187

原创 Jupyter notebook运行指定的conda虚拟环境

安装nb_conda_kernelsconda install nb_conda_kernels重新启动notebook,在kernel -> change kernel中即可切换到指定的虚拟环境参考资料：https://github.com/Anaconda-Platform/nb_conda_kernels...

2019-08-17 17:55:10 1941

原创 Windows10远程访问Jupyter notebook

服务器Ubuntu 16.04.1 LTS首先安装Anaconda3默认情况下，安装好 Anaconda 后打开 jupyter notebook或者命令端输入 jupyter notebook, 访问本地localhost:8888 即可。如果要访问另一台机器，比如远端服务器上的 notebook, 即默认是不支持 ip:8888 这样的访问，需要额外配置。———————...

2019-08-17 14:59:50 2256

原创 [数据科学] 通过基因表达监测进行肿瘤预测

简介通过基因表达监测（DNA微阵列）对新的癌症病例进行分类，从而为鉴定新的癌症类别和将肿瘤分配到已知类别提供了一般方法。这些数据用于对患有急性髓性白血病（AML）和急性淋巴细胞白血病（ALL）的患者进行分类。代码实例导入依赖库import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as plt%mat...

2019-08-16 13:53:36 2252 7

原创 RStudio个性化界面配置

R语言版本是R-3.6.1RStudio自身默认的背景界面高亮，长期编程累眼，一般会自己设置暗色界面。具体步骤如下：Tool->Global Options->Appearance->1. Font size: 122. Editor theme: Idle Fingers/Cobalt/Monokai->Apply------------------...

2019-08-13 19:29:53 13954

RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf

开源化学信息学工具包RDKit的手册。RDKit提供各种功能，如不同的化学I/O格式，包括SMILES/SMARTS，结构数据格式（SDF），Thor数据树（TDT），Sybyl线符号（SLN），mol2和蛋白质结构文件（PDB）。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持；化学转化；化学反应；分子序列化；相似性/多样性选择；二维药效团；三维维药效团；分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架；逆合成组合分析及分子碎裂（RECAP）; 多分子最大共同亚结构；功能图；基于形状的相似性；基于RMSD的分子比对；基于形状的对齐；使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对；与PyMOL进行3D可视化集成；功能基团过滤；分子描述符库；相似图；机器学习等等

2019-12-26