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RSS订阅原创 哈佛CASTER | 基于化学子结构表征预测药物相互作用
作者 | 陈雨洁指导 | 曾湘祥教授单位| 湖南大学研究方向 | 药物相互作用研究背景药物相互作用(DDI)是指病人在同时服用两种或两种以上的药物时，一种药物的药效受到另一种药物、食物...
2019-11-28 22:20:08
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原创 Chainer Chemistry | 用于化学和生物学的深度学习库
Chainer ChemistryChainer Chemistry是一个使用Chainer的化学和生物学深度学习库。Github地址：https://github.com/pfnet-research/chainer-chemistry 手册地址：https://chainer-chemistry.readthedocs.io该库可帮助您轻松地将深度学习应用于分子结构...
2019-11-27 10:28:39
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原创 DGL | 基于深度图学习框架DGL的分子图生成
引言 Deep Graph Library (DGL) 是一个在图上做深度学习的框架。在0.3.1版本中，DGL支持了基于PyTorch的化学模型库。如何生成分子图是我感兴趣的。环境准备PyTorch：深度学习框架 DGL：用于图上的深度学习，支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架 RDKit：用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式分子生成与Jun...
2019-11-21 14:28:32
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原创 DGL | 基于JTNN可视化给定分子的邻居分子
JTNNJTNN ： Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph GenerationJTNN使用称为联合树算法从分子图形成一棵树。然后，模型会将树和图编码为两个单独的向量z_G和z_T。JTNN是一种自动编码器模型，旨在学习分子图的隐藏表示。这些表示可用于下游任务，例如属性预测或分子优化。基于JTNN可视...
2019-11-21 14:25:30
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原创 GraphNVP | 用于分子图生成的可逆流模型
分子生成具有理想药理特性新分子的发现是计算药物发现中的关键问题。传统上，这项任务是通过临床合成候选化合物并对其进行实验来完成的。但是，由于化学空间是巨大的，合成分子并对其进行广泛的实验是非常耗时的任务。从头设计药物不是在分子中寻找具有所需特性的空间，而是设计具有我们感兴趣特性的新化合物。事实证明，深度学习的最新进展，尤其是深度生成模型在从头药物设计中具有不可估量的价值。分子表征将深...
2019-11-21 11:23:17
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原创 DGL | 基于深度图学习框架DGL的分子图初探
DGL简介 纽约大学、纽约大学上海分校、AWS上海研究院以及AWS MXNet Science Team共同开源了一个面向图神经网络及图机器学习的全新框架，命名为Deep Graph Library（DGL）。 在设计上，DGL秉承三项原则：DGL必须和目前的主流的深度学习框架（Pytorch, MXNet, Tensorflow等）无缝衔接。从而实现从传统...
2019-11-19 11:32:12
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原创 OpenCV | 分水岭算法进行图像分割
分水岭算法进行图像分割 分水岭分割方法，是一种基于拓扑理论的数学形态学的分割方法，其基本思想是把图像看作是测地学上的拓扑地貌，图像中每一点像素的灰度值表示该点的海拔高度，每一个局部极小值及其影响区域称为集水盆，而集水盆的边界则形成分水岭。分水岭的概念和形成可以通过模拟浸入过程来说明。在每一个局部极小值表面，刺穿一个小孔，然后把整个模型慢慢浸入水中，随着浸入的加深，每一个局部极小值...
2019-11-18 10:38:28
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原创 OpenCV | OpenCV哈里斯 (Harris)角点检测
环境pip install opencv-python==3.4.2.16pip install opencv-contrib-python==3.4.2.16理论克里斯·哈里斯（Chris Harris）和迈克·史蒂芬斯（Mike Stephens）在1988年的论文《组合式拐角和边缘检测器》中做了一次尝试找到这些拐角的尝试，所以现在将其称为哈里斯拐角检测器。函数：cv2....
2019-11-13 11:04:38
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原创 OpenCV | OpenCV 图片换底色
环境pip install opencv-python==3.4.2.16pip install opencv-contrib-python==3.4.2.16示例代码import cv2import numpy as npimg=cv2.imread('molecule.png')#缩放rows,cols,channels = img.shapeimg=cv2.r...
2019-11-13 10:33:28
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原创 OpenCV简介与安装
OpenCV简介OpenCV是计算机视觉领域应用最广泛的开源工具包，基于C/C++，支持Linux/Windows/MacOS/Android/iOS，并提供了Python，Matlab和Java等语言的接口，因为其丰富的接口，优秀的性能和商业友好的使用许可，不管是学术界还是业界中都非常受欢迎。OpenCV最早源于Intel公司1998年的一个研究项目，当时在Intel从事计算机视觉的工程师盖...
2019-11-13 09:35:21
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转载 知识图谱 | 从六个方面解析知识图谱的价值和应用
知识对于人工智能的价值就在于，让机器具备认知能力和理解能力。构建知识图谱这个过程的本质，就是让机器形成认知能力，理解这个世界。一、知识图谱无处不在说到人工智能技术，人们首先会联想到深度学习、机器学习技术；谈到人工智能应用，人们很可能会马上想起语音助理、自动驾驶等等，各行各业都在研发底层技术和寻求AI场景，却忽视了当下最时髦也很重要的AI技术：知识图谱。当我们进行搜索时，搜索结果右...
2019-11-13 09:22:49
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原创 OpenCV | OpenCV将图像转换成黑白图像（二进制）
将图像转换为黑白涉及两个步骤。将源图像读取为灰度图像。 使用您选择的阈值将灰度图像转换为二进制图像。如果源图像是灰度图像，则可以将步骤1中的图像读取为原始图像，然后继续步骤2。以下示例说明了从灰度转换为二进制或黑白时阈值的工作方式。原图import cv2#read imageimg_grey = cv2.imread('molecule.png', cv2.IMREA...
2019-11-12 17:22:38
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原创 OpenCV | OpenCV检测图像轮廓
步骤读取图像为灰度图像。 使用cv2.threshold（）函数获取阈值图像。 使用cv2.findContours（）并传递阈值图像和必要的参数。 findContours（）返回轮廓。您可以将其绘制在原始图像或空白图像上。import cv2import numpy as npimg = cv2.imread('original.png', cv2.IMREAD_UNCHA...
2019-11-12 17:15:19
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原创 OpenCV | ORB特征检测与描述
ORB (Oriented FAST and Rotated BRIEF)ORB基本上是FAST关键点检测器和Brief描述符的融合，并进行了许多修改以增强性能。首先，它使用FAST查找关键点，然后应用哈里斯角点度量在其中找到前N个点。它还使用金字塔生成多尺度特征。但是一个问题是，FAST无法计算方向。那么旋转不变性呢？作者提出以下修改。它计算角点位于中心的贴片的强度加权质心。从此角点到质...
2019-11-11 12:16:17
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原创 解决: AttributeError: module 'cv2' has no attribute 'SURF'
AttributeError: module 'cv2' has no attribute 'SURF'遇到该问题时，网友多是建议补个包，即pip install opencv-contrib-python我在补完之后又出现下面这样的错误：OpenCV(3.4.3) C:\projects\opencv-python\opencv_contrib\modules\xfeatures2d\s...
2019-11-10 15:12:12
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原创 OpenCV | OpenCV:sift,SURF 特征提取
一、环境准备目前Opencv有2.x和3.x版本，两个版本之间的差异主要是一些功能函数被放置到了不同的功能模块，因此大多数情况两个版本的代码并不能通用。建议安装Anaconda，自行下载相应版本。直接命令安装Opencv3。安装pip install opencv-python==3.4.2.16pip install opencv-contrib-python==3....
2019-11-10 15:04:51
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原创 Windows10下OpenCV_contrib安装配置
环境Win10(64bit)+Anaconda3（Python 3.7.3）下载opencv+contribhttps://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/opencv_python‑4.1.2+contrib‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl执行下面命令安装opencv+contribpip install o...
2019-11-10 13:05:09
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原创 OpenCV | OpenCV彩色图像直方图算法实现
彩色图像直方图和灰度图像直方图的原理是一样的，不同的是彩色图像需要分别计算BGR三个通道。Cerasus.JPGimport cv2import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimg = cv2.imread('Cerasus.JPG', 1)imgInfo = img.shapeheight = imgInfo[0]...
2019-11-10 02:15:18
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原创 SQLAlchemy简介与入门
ORM与SQLAlchemy简介ORM ORM：Object Relation Mapping，最初主要描述的是程序中的Object对象和关系型数据库中Rlation关系(表)之间的映射关系，目前来说也是描述程序中对象和数据库中数据记录之间的映射关系的统称，是一种进行程序和数据库之间数据持久化的一种编程思想。常见的ORM操作流程和步骤常规情况下，软件程序中的OR...
2019-11-09 22:00:34
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原创 Rosetta | Rosetta简介
RosettaRosetta概览Rosetta软件包括用于蛋白质结构的计算建模和分析的算法。它使计算生物学取得了显着的科学进步，包括从头进行蛋白质设计，酶设计，分子对接以及生物大分子和大分子复合物的结构预测。所有非商业用户均可免费使用Rosetta，商业用户可付费使用Rosetta。Rosetta的开发始于华盛顿大学David Baker博士的实验室，作为结构预测工具，但从...
2019-11-08 15:05:24
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原创 CentOS 7 源码编译安装 PostgreSQL 11.2
环境系统版本Centos7.6工具：xshell6PostgreSql： postgresql-11.2.tar.gz安装部署安装前准备官网下载PostgreSQL 11.2源码地址：https://www.postgresql.org/ftp/source/v11.2/选择postgresql-11.2.tar.gz编译安装tar -zxvf p...
2019-11-08 15:04:32
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原创 Python自然语言处理 NLTK 库用法入门教程
NLP (Natural Language Processing)：自然语言处理那么 NLP 到底是什么？学习 NLP 能带来什么好处？简单的说，自然语言处理（ NLP ）就是开发能够理解人类语言的应用程序和服务。我们生活中经常会接触的自然语言处理的应用，包括语音识别，...
2019-11-07 22:38:16
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原创 医疗领域中的AI/ML机会前景
简介尽管有数百个项目和数千位数据科学家致力于将AI / ML引入医疗保健领域，但采用率仍然很低且缓慢。1.药物研发 医疗领域的所有AI / ML机会中，这一机会实际上是最遥远的。 主要原因是由大型制药公司支付资金并由资本市场提供资金，而不是由付款人/医院/临床医生/患者财务链提供资金。但是，由于创新研究的风险以及新药的极高成本和漫长的批准时间，这些创新的回报可能在将...
2019-11-07 16:05:56
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原创 CentOS 7下源码编译安装新版本内核
在工作中，很多时候由于需要使用新的技术方案，需要较新版本的内核来支持新的功能，而CentOS系统自带的内核版本普遍都比较旧，因此我们需要对系统的内核进行升级，安装新版的内核。在此，以CentOS 7系统为例，对编译安装最新版内核的过程做如下总结：Linux 最新版本的内核可以通过https://www.kernel.org/网站获取1、下载最新稳定版本的内核源码包到 /usr/loca...
2019-11-04 20:42:33
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原创 DrugVQA | 用视觉问答技术预测药物蛋白质相互作用
作者 | 俞琳荟指导 | 曾湘祥教授单位| 湖南大学研究方向 | 药物靶点、深度学习1、研究背景鉴定新的药物-蛋白质相互作用对于药物发现至关重要，基于机器学习的方法利用药物描述符和一维...
2019-11-04 17:42:34
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原创 Pymol & BioPython | PDB文件中氨基酸序列的提取
1. Pymol当前目录下有一个PDB文件，利用pymol的命令模式：pymol receptor.pdb -c -d "save receptor.fasta"2.BioPythonfrom Bio import PDBparser = PDB.PDBParser()structure = parser.get_structure('2FH7', '2FH7.p...
2019-11-01 12:56:28
13449
RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf
2019-12-26
基于神经网络的溶解度预测和回归分析的数据集文件
2018-09-16
pymol-2.1.0-cp36-cp36m-win
2018-05-18
2017-Bioinformatics-Volume II- Structure, Function, and Applications
2018-05-18
空空如也
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