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RSS订阅原创 RDKit | 基于RDKit可视化脂溶性在溶解度贡献中的应用
尝试了logP，仅使用原子的权重即可可视化。导入库import base64from io import BytesIOimport warningswarnings.filterwarnings(action='ignore')from IPython.core.display import display, HTMLdisplay(HTML("<style>....
2020-03-31 16:09:13
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原创 RDKit | 基于SSSR区分环状化合物和链状化合物
基于RDKit描述的SSSR概念进行相同的分类。导入库from rdkit import rdBase, Chemfrom rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasToolsimport pandas as pd载入数据df = pd.read_csv('PD1_inhibitor_dataset.csv')...
2020-03-31 11:23:08
2168
原创 RDKit | 基于RDKit探索ChEMBL数据库中合成药物历史
从ChEMBL采集数据 使用RDKit绘制结构和计算索引 绘制气泡图 在复合空间中绘制 完结https://magattaca.hatenablog.com/#Bubble%E3%83%81%E3%83%A3%E3%83%BC%E3%83%88%E3%82%92%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%83%E3%83%88...
2020-03-30 15:15:35
2075
原创 Nature Methods | 深度学习蛋白质三维结构
nature methods副主编，Arunima Singh，3月4日在nature methods上发表文章，探讨了基于深度学习的蛋白质结构预测方向近期的研究进展。蛋白质结构预测是近几十年来的研究热点，理论方法使人们深入了解了实验难以处理的蛋白质结构。同时，随着测定蛋白质结构的实验方法的改进，大量高质量蛋白质结构数据可供研究，提高了训练数据的质量和预测算法的准确性。最终的...
2020-03-30 11:51:07
6097
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原创 RDKit | 基于RDKit的指定原子或键高亮
基于RDKit的指定原子或键高亮指定原子或键高亮HilightChemAtom.pyfrom rdkit import Chemfrom rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2Dfrom IPython.display import SVGfrom io import BytesIOfrom PIL import Imagefrom cairo...
2020-03-27 20:13:36
2030
原创 RDKit | 基于RDKit中和带电分子
化合物的预处理导入库from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import MolStandardize载入数据smis = ("c1cccc[nH+]1", "C[N+](C)(C)C", "c1ccccc1[NH3+]", "CC(=O)[O-]", "c1ccccc1[O-]", "CCS...
2020-03-26 21:32:26
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原创 Drug Target Review | 筛选用于抗COVID-19的抗病毒化合物
斯克里普斯研究公司(Scripps Research)宣布将筛选14,000多种化合物，以查看是否存在针对COVID-19的显著活性，用于治疗新冠。美国...
2020-03-25 00:10:07
1287
原创 Science | 初步的SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂在小鼠中显示功效
研究人员使用X-ray晶体学方法揭示了SARS-CoV-2主要蛋白酶的结构，设计了与该靶标结合并阻止病毒复制的抑制剂。该工作发表在2020年3月20日的...
2020-03-25 00:10:07
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原创 Cell Press | 研究人员致力于创建COVID-19病毒表位图
美国La Jolla免疫研究所的一个研究小组与J. Craig Venter研究所的研究人员合作，使用SARS-CoV的数据来预测SARS-CoV-2的...
2020-03-24 22:29:01
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原创 RDKit | 基于RDKit的SMILES转canonical SMILES
基于RDKit的SMILES String转canonical SMILESString导入库from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsoleSMILES转RDKit的Mol对象testsmi = '[H][C@@]12CC[C@H](...
2020-03-24 15:21:06
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原创 RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图
import osimport numpy as npimport igraphfrom py2cytoscape import utilfrom cyjupyter import Cytoscapefrom rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import DataStructsfrom rdkit.Chem import AllChemfr...
2020-03-23 17:41:55
1749
原创 RDKit | RDKit中处理分子Mol对象
导入库from rdkit import rdBase, Chemfrom rdkit.Chem import AllChem, Drawprint('rdkit version: {}'.format(rdBase.rdkitVersion))载入数据suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011152835.sdf')m...
2020-03-23 14:15:28
3588
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原创 RDKit | 基于RDKit从分子中提取3D药效团特征
从分子中提取3D药效团特征导入库import osfrom rdkit import Geometryfrom rdkit import RDConfigfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem import ChemicalFeaturesfrom rdkit.Chem.Pharm3D import Pharmacophore...
2020-03-22 16:37:45
2829
原创 RDKit | 基于RDKit获取分子3D距离矩阵
from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem import rdDistGeom as molDG mol = Chem.MolFromSmiles('CCC')bm = molDG.GetMoleculeBoundsMatrix(mol)bmOut[]: array([[0. ...
2020-03-22 16:36:46
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原创 DGL & RDKit | 基于GCN的多任务分类模型
关于化学信息学领域基于图的方法的出版物很多。我无法涵盖所有内容，但仍然对这些领域感兴趣。我认为pytorch_geometric（PyG）和深图库（DGL）对于化学信息学家来说是非常有吸引力且有用的软件包。我写了一些有关DGL和PyG的帖子。最近的DGL对化学信息学更加友好，因此我今天将DGL用于GCN模型构建。最初，我尝试使用Skorch的DGL，但失败了。因此，我仅将DGL用...
2020-03-21 20:42:13
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原创 GHDDI | 新冠药物门户网站
这是由全球健康药物研发中心(GHDDI)发起的关于COVID-19/SARS/MERS药物发现社区公共信息共享门户和数据存储库。GHDDI和清华大学药学院联合启动了一系列关于理解和开发COVID-19候选新药的项目，以发挥在基础研究、转化科学和药物发现方面的优势。与此同时，他们为所有开发COVID-19新疗法的研究人员免费提供他们的药物开发信息和资源。整个网站可以分为以下四个部分：...
2020-03-20 12:22:28
1593
原创 bioRxiv|利用机器智能设计抗新型冠状病毒药物
今天介绍美国密歇根州立大学Guo-Wei Wei团队近期在bioRxiv上发表的论文，该论文利用基于机器智能的复合型生成网络(GNC)生成一系列候选药物，并测试这些药物和部分艾滋病药物对新型冠状病毒的潜在效用。1.背景刺突蛋白(S-protein)是一种多功能分子，可以介导冠状病毒进入宿主细胞。据研究，新型冠状病毒和SARS病毒的刺突蛋白具有较高的氨基酸序列同源性，且二者...
2020-03-20 12:22:28
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原创 RDKit | 基于RDKit计算3D药效团指纹
3D Pharmacophore指纹导入库from rdkit import Chem, DataStructs, RDConfigfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem.Pharm2D import Gobbi_Pharm2D, Generate载入数据，产生3D结构mol = Chem.MolFromSmiles( '...
2020-03-18 20:27:50
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原创 RDKit | 基于RDKit进行构象搜索：构型异构体生成和MMFF聚类
https://future-chem.com/conformer-clustering/
2020-03-18 13:44:58
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原创 DeeplyTough | 学习蛋白质结合位点的结构比较
小分子药物发现中的蛋白质蛋白质在体内发挥作用，并负责生物学功能。在药物开发中，经常寻求改变特定蛋白质的功能来帮助人体抵抗疾病。可以将专注于用小分子药物调节特定蛋白质的药物发现工作框架化为基于靶标的药物发现。蛋白质的生物学功能取决于其结构和序列。影响蛋白质功能的最常见方法是干扰能够容纳小分子的蛋白质-配体结合位点或口袋。靶标蛋白质空间的相似性找出分子可以结合的蛋白质...
2020-03-15 23:01:39
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原创 Drug Target Review | 虚拟现实(VR)用于新药设计
研究人员报告说，他们已经使用虚拟现实（VR）作为设计药物的新方法，并了解普通药物如何在分子水平上起作用。这项研究是在英国布里斯托大学进行的，它允许研究...
2020-03-14 23:25:11
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原创 DGL & RDKit | 基于Attentive FP可视化训练模型原子权重
DGL具有许多用于化学信息学、药物与生物信息学任务的函数。DGL开发人员提供了用于可视化训练模型原子权重的代码。使用Attentive FP构建模型后，可以可视化给定分子的原子权重，意味着每个原子对目标值的贡献量。基于Attentive FP可视化训练模型原子权重环境准备PyTorch：深度学习框架 DGL：基于PyTorch的库，支持深度学习以处理图形 RDKit：用于构建分...
2020-03-14 22:21:28
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原创 RDKit | 通过Lipinski规则了解如何在RDKit中处理描述符
导入库import pandas as pdimport seaborn as snsfrom rdkit import rdBase, Chemprint(rdBase.rdkitVersion) from rdkit.Chem import AllChem, Descriptors载入数据suppl = Chem.SDMolSupplier('p...
2020-03-13 21:56:27
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原创 RDKit | 基于RDKit绘制带原子索引的分子
RDKit可以使用IPythonConsole轻松绘制分子。用原子索引绘制分子。from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsoleIPythonConsole.ipython_useSVG = Truedef mol_with_atom_...
2020-03-12 23:01:26
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原创 RDKit | 基于RDKit的单分子多构象生成
from rdkit import rdBase, Chemfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsoleimport py3Dmolimport pandas as pdprint(rdBase.rdkitVersion) suppl = Che...
2020-03-12 13:28:21
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原创 RDKit | 基于RDKit的MaxMin方法选择高度多样化的库
建立高度多样化的库有四种方法，聚类方法 基于距离的方法 基于分类的方法 使用优化方法的方法这次使用RDKit中实现的MaxMin方法作为“ 基于距离的方法”来构建各种库。导入库import numpy as npfrom rdkit import Chem, DataStructsfrom rdkit.Chem import AllChem, Drawfr...
2020-03-12 12:47:58
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原创 EPR | 制药业的AI：利用宝贵的资源
由于其广泛的应用范围，制药业有望从人工智能（AI）的使用中受益匪浅。Sydney Tierney讨论了机器学习如何增强营销、制造和药物试验。AI可以应用于制药和医疗保健行业的几乎每个方面...
2020-03-12 00:11:00
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原创 Drug Target Review | 利用AI发现和设计药物
第一款使用人工智能（AI）设计的药物已进入I期试验。Exscientia的Andrew Hopkins教授解释了如何使用算法来实现这一里程碑。在具有里程碑意义的发展中，使用AI创建的第一...
2020-03-11 21:03:28
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原创 RDKit | 基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
具有高相似性的分子组合可以改写为在化合物空间（化学空间）中具有短距离。在这种情况下，“相似性”和“距离”可互换使用。通过选择相距较远的化合物，可以构建各种化合物库。如何建立高度多样化的化合物库聚类方法 基于距离的方法 基于分类的方法 使用优化方法的方法这次使用k-means方法（一种非分层聚类方法）从化合物库中选择“多样化”化合物。基于RDKit和k-均值对化合物进行非分...
2020-03-11 13:34:29
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原创 RDKit | 基于主成分分析可视化(DrugBank)类药性的化学空间
https://future-chem.com/drugbank-pca/
2020-03-11 11:02:04
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原创 RDKit | 基于RDKit的PandasTools加速数据分析
从RDKit的基本用法中看到了化学信息学中使用的各种概念。大多数情况下，流程中处理的化合物数据存储在列表或字典类型变量中，该变量是python或numpy数组的基本数据类型。 另一方面，在使用python进行数据科学和探索性数据分析中，主流是使用pandas Series和DataFrame数据类型。这次，将通过学习如何使用pandas D...
2020-03-11 10:32:13
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原创 Nat. Mach. Intel. | 突变后蛋白蛋白结合力的拓扑网络树预测模型
今天给大家介绍密歇根州立大学数学系Guowei Wei教授团队2020年2月14日发表在Nature Machine Intelligence上的文章：A topology-based ...
2020-03-09 15:23:23
2527
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原创 AI对抗冠状病毒爆发的11种方式
随着COVID-19到达60多个国家/地区，全球病例超过95,500，死亡人数超过3,000，全世界正在尽最大努力避免这场灾难。尽管世卫组织和联合国等组织正在释放资金以促进研究，但许多组织都在寻求人工智能来减缓危机。全世界的科学界都在为21世纪的问题找到21世纪的解决方案。让我们看一下如何使用AI来控制最新爆发：1.DeepMind使用其AlphaFold系统DeepMind宣...
2020-03-08 00:00:23
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原创 RDKit：化合物骨架分析
新药研发是一项耗时长且耗资巨大的工程，据资料显示由安全性问题与药物代谢动力学性质不良引起新化学实体成药失败的比例高达60%，且这一比例还在逐年升高。代谢稳定性是影响药代动力学性质的主要因...
2020-03-06 11:53:08
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原创 靶向新冠状病毒(COVID-19)的药物靶点
冠状病毒（Coronavirus, CoV）是自然界广泛存在一大类病毒家族。CoV为有包膜病毒，颗粒呈圆形或椭圆形，具有多形性，直径50～200nm。颗粒表面有棒状突起，使病毒表面看起来形如花冠，故而得名。病毒颗粒内部有核衣壳，为螺旋对称。2月12日，国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV）宣布，新型冠...
2020-03-05 00:03:05
9177
原创 Nat. Mach. Intell.|从局部解释到全局理解的树模型
今天介绍美国华盛顿大学保罗·艾伦计算机科学与工程学院的Su-In Lee团队在nature mechine intelligence 2020的论文，该论文提出了一种基于博弈论沙普利值的TreeExplainer方法，用于从局部到全局的树模型解释性研究。背景随机森林、决策树和梯度增强树等基于树的机器学习模型是目前比较流行的非线性预测模型，基于树的模型在金融、医药、生物、广告...
2020-03-02 00:00:48
2398
原创 PNAS | 开发用于优化蛋白质设计的3D模型
研究人员开发了一个计算程序，以帮助设计治疗用蛋白质，预测相互作用。研究人员已经开发出一种过程，他们说这种过程可以减少计算蛋白设计所涉及的工作。该技术使用三维（3D）结构模型来预测分子嵌段...
2020-03-01 00:00:57
1730
RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf
2019-12-26
基于神经网络的溶解度预测和回归分析的数据集文件
2018-09-16
pymol-2.1.0-cp36-cp36m-win
2018-05-18
2017-Bioinformatics-Volume II- Structure, Function, and Applications
2018-05-18
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