Rosalind第九题：Finding a Motif in DNA

问题

给定两个串 和，是子串的，如果被包含在符号的连续集合（其结果是，必须比不再）。

字符串中符号的位置是在其左侧找到的符号总数，包括符号本身（例如，“ AUGCUUCAGAAAGGUCUUACG”中所有出现的“ U”的位置分别为2、5、6、15、17和18） ）。在位置的符号的通过表示。

的子字符串可以表示为，其中 和代表子字符串在其中的开始和结束位置；例如，如果=“ AUGCUUCAGAAAAAAGGUCUUACG”，则=“ UGCU”。

子串的位置是它的起始位置; 请注意，如果它作为的子字符串不止一次出现，它将在多个位置（请参见下面的示例）。 

给定：两个DNA串 和（每个长度最大1 kbp）。

返回：的所有位置，作为的子字符串。

样本数据集

GATATATGCATATACTT 
ATAT

样本输出

2 4 10

python解决方案

seq = 'GATATATGCATATACTT'
pattern = 'ATAT'


def find_motif(seq, pattern):
    position = []
    for i in range(len(seq) - len(pattern)):
        if seq[i:i + len(pattern)] == pattern:
            position.append(str(i + 1))

    print('\t'.join(position))


find_motif(seq, pattern)

import re
matches = re.finditer('(?=ATAT)', 'GATATATGCATATACTT')
for match in matches:
    print (match.start()+1,end = '\t')