Rosalind第106题：Isolating Symbols in Alignments

Problem

Say that we have two strings  and  of respective lengths  and  and an alignment score. Let's define a matrix  corresponding to  and  by setting  equal to the maximum score of any alignment that aligns  with . So each entry in  can be equal to at most the maximum score of any alignment of  and .

Given: Two DNA strings  and  in FASTA format, each having length at most 1000 bp.

Return: The maximum alignment score of a global alignment of  and , followed by the sum of all elements of the matrix  corresponding to  and  that was defined above. Apply the mismatch score introduced in “Finding a Motif with Modifications”.

说我们有两个字符串  和  各自长度  和 和对齐分数。让我们定义一个矩阵 对应于  和  通过设置  等于任何对齐的最大分数  与 。因此，每个条目 最多等于任何对齐方式的最大分数  和 。

给出：两个DNA字符串  和 以FASTA格式，每个长度最多1000 bp。

返回值：全局对齐方式的最大对齐方式得分 和 ，然后是矩阵所有元素的总和  对应于  和 上面定义的 应用“查找具有修饰的图案”中引入的不匹配分数

Sample Dataset

>Rosalind_35
ATAGATA
>Rosalind_5
ACAGGTA

Sample Output

3
-139