Rosalind第84题：Maximizing the Gap Symbols of an Optimal Alignment

Problem

For the computation of an alignment score generalizing the edit alignment score, let  denote the score assigned to matched symbols,  denote the score assigned to mismatched non-gap symbols, and  denote the score assigned a symbol matched to a gap symbol '-' (i.e.,  is a linear gap penalty).

Given: Two DNA strings  and  in FASTA format (each of length at most 5000 bp).

Return: The maximum number of gap symbols that can appear in any maximum score alignment of  and  with score parameters satisfying , , and .

对于的计算比对得分概括的编辑比对得分，让 表示分配给匹配符号的分数，  表示分配给不匹配的非空白符号的分数，并且 表示分配了与间隙符号“-”匹配的符号的分数（即，是线性间隙罚分）。

给出：两个DNA字符串  和 以FASTA格式（每个长度最多5000 bp）。

返回值：在以下任何最大分数对齐中可以出现的最大间隔符号数量 和  得分参数令人满意 ， 和 。

样本数据集

Sample Dataset

>Rosalind_92
AACGTA
>Rosalind_47
ACACCTA

Sample Output

3