【读取文件】python SimpleITK模块读取*.mhd和*.raw格式dicom文件

        本文主要内容为使用SimpleITK进行*.mhd和*.raw格式dicom文件的读取。

        一个dicom文件一般分为metadata和image两部分，根据patient，study，series和image四层信息进行解析序列中的每一个dicom文件。
        *.mhd(metadata header)和*.raw格式dicom文件是为了读取方便，将一个序列的metadata（一个序列中的每一个dicom文件的metadata基本一致，坐标等信息可以由其中一个推算其它）集中到一个*.mhd文件（提取共同部分，并非每个dicom文件的metadata集中到一起），序列中的每一个dicom文件包含的image信息集中到*.raw文件，因此一个*.raw文件中包含多幅图像。
         *.mhd和 *.raw文件需要同时存在，否则无法完整读取。

以luna16 subset0中如下文件为例：

1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.105756658031515062000744821260.mhd
1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.105756658031515062000744821260.raw

######################### 读取数据 #####################################

In [1]: import SimpleITK as sitk
In [2]: dicom_mhd   = sitk.ReadImage("1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.105756658031515062000744821260.mhd")
In [3]: dicom_array = sitk.GetArrayFromImage(dicom_mhd)

######################### 使用数据 #####################################

# dicom_mhd中可以获取层间距，方向向量等等dicom文件metadata中包含的信息
In [4]: dicom_mhd.GetSpacing()	# x / y / z 方向的间距，毫米(mm)为单位
Out[4]: (0.7617189884185791, 0.7617189884185791, 2.5)
# dicom_array为序列包含的所有Image信息，使用SimpleITK读取时，传入参数dicom_mhd，会自动
# 读取 *.raw文件
In [5]: type(dicom_array)
Out[5]: numpy.ndarray
In [6]: dicom_array.shape
Out[6]: (121, 512, 512) # 第一维度为序列图像数量，后两维度为高度和宽度