Pyvista---(2)pyvista中的mesh定义

• 为了简化数据表示的复杂度，在pyvista中，mesh可以表示面，也可以表示体素。
• pyvista里面的所有数据都有节点（node），节点是网格的顶点，由XYZ坐标表示，即使是二维数据也是要有XYZ坐标。
• 数据也可以是只包含顶点，比如点云（point cloud），点云是一群点。

0 mesh 三要素

• 顶点（node）
• 格子（cell)
• 值（attributes）:可以是顶点的值也可以是格子的值，如果设置顶点的值那么颜色就是渐变的，设置格子的值颜色就是不渐变的。

1 mesh中的顶点

下面以三个例子说明

1.1 点云

• 可以用pyvista.PolyData来创建点云，也就是创建一个包含点的数据结构，可以是二维的也可以是三维的，然后这个数据是可以用来被可视化的。
• 用numpy生成一堆点云的坐标，然后转为用vista可视化出来。

import numpy as np
import pyvista as pv

nodes = np.random.rand(100, 3)
mesh = pv.PolyData(nodes)
mesh.plot(point_size=10, screenshot='random_nodes.png')

结果：

1.2 网格（gridded mesh），三维数组

import pyvista as pv
from pyvista import examples
mesh = examples.load_hexbeam()

p = pv.Plotter() ## 建一个画板
# 然后在画板上画图
p.add_mesh(mesh, show_edges=True, color='white')
p.add_mesh(pv.PolyData(mesh.points), color='red', point_size=10, render_points_as_spheres=True)
## 相机位置
p.camera_position = [(6.20, 3.00, 7.50),
                 (0.16, 0.13, 2.65),
                 (-0.28, 0.94, -0.21)]
p.show(screenshot='beam_nodes.png')

结果：

1.3 三角表面，兔子

mesh = examples.download_bunny_coarse()

p = pv.Plotter()
p.add_mesh(mesh, show_edges=True, color='white')
p.add_mesh(pv.PolyData(mesh.points), color='red',
       point_size=10, render_points_as_spheres=True)
p.camera_position = [(0.02, 0.30, 0.73),
                 (0.02, 0.03, -0.022),
                 (-0.03, 0.94, -0.34)]
p.show(screenshot='bunny_nodes.png')

结果：

2 mesh中的 cell（单元），小格子

• 如果了解医学图像处理的话，ct中的一个体素就是一个cell。
• 当然，单元不仅限于体素，它们可以是三个节点之间的三角形，两个节点之间的线，甚至单个节点也可以是其自己的单元（但这是特例）。

如图所示：

在前面的代码上加上这句话即可画出上图：

p.add_mesh(mesh.extract_cells(mesh.n_cells-1),
           color='pink', edge_color='blue',
           line_width=5, show_edges=True)

3 mesh中的属性（attributes），颜色

• 给每个顶点赋值，所以他的颜色是渐变的，如果给cell赋值，那么每个格子的颜色就是一样的。
• 之前说的顶点是坐标点，那这个属性就是这个坐标点的值。简单来说顶点是矩阵的坐标，属性就是矩阵里面的值。那么值被可视化出来就是灰度了。毕竟在图像中矩阵的值就表示灰度值。
• 可以通过.point_arrays或.cell_arrays方法来给mesh赋值。值可以是point的或是cell的，通过这个两个方法。这两个方法是一个字典。
• point数据是指存在于网格的每个节点上的值的数组（标量，向量等）。该数组的顺序至关重要！属性数组中的每个元素必须对应于网格中的节点或单元。

import pyvista as pv
from pyvista import examples
mesh = examples.load_hexbeam()
camera_position = [(6.20, 3.00, 7.50),
                 (0.16, 0.13, 2.65),
                 (-0.28, 0.94, -0.21)]
# 这里是给每个顶点赋值，所以他的颜色是渐变的，如果给cell赋值，那么每个格子的颜色就是一样的。
mesh.point_arrays['my point values'] = np.arange(mesh.n_points)

mesh.plot(scalars='my point values', cpos=camera_position,
          show_edges=True, screenshot='beam_point_data.png')

• 这里是给每个顶点赋值，所以他的颜色是渐变的，如果给cell赋值，那么每个格子的颜色就是一样的。

给格子（cell）赋值

mesh.cell_arrays['my cell values'] = np.arange(mesh.n_cells)
mesh.plot(scalars='my cell values', cpos=bcpos,
          show_edges=True, screenshot='beam_cell_data.png')

链接

• https://docs.pyvista.org/getting-started/what-is-a-mesh.html