CLAPACK安装问题解决及应用举例

最新推荐文章于 2024-08-26 17:34:25 发布

mazinkaiser1991

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分类专栏： Linux系统文章标签： clapack 安装编译链接

本文链接：https://blog.csdn.net/u012927281/article/details/50564367

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今天在安装及使用CLAPACK的过程中，遇到诸多问题，现就遇到的问题及解决方式做简单记录，楼主的CLAPACK版本为3.2.1，操作系统为ubuntu 15.04，编译器为默认版本。

在安装CLAPACK的过程中，应对程序的源码做简单分析。根据源码中给出的安装手册中给出的说明手册，/BLAS/SRC 文件夹下给出了 BLAS 的程序源码，SRC文件夹下给出了CLAPACK的程序源码，/F2CLIBS/libf2c 文件夹下存放的是f2c库的程序源码。以上三部分源码会被分别编译为blas_LINUX.a、lapack_LINUX.a、libf2c.a，三个静态库的依赖关系依次为lapack_LINUX.a -> blas_LINUX.a -> libf2c.a，lapack中会调用位于blas中的函数，而blas中会调用libf2c中的函数，具体的分析过程也会给出。

好了，现在给出详细的安装过程，主要参考源码包中的README.install文件

1）解压缩并制作make.inc

解压缩命令：gunzip clapack.tgz；tar xvf clapack.tar

制作make.inc：由于makefile中包含的是make.inc，而当前软件包中给出的是make.inc.example，因此将make.inc.example根据机器的实际情况进行修改，实际情况就是，楼主根本不需要任何修改，直接就改为了make.inc。

2）在根目录下 make f2clib，这一步没有任何问题，产生libf2c.a为静态库。

3）在根目录下 make blaslib ，这一步可选，可选用其他blas库，推荐使用blaslib，主要由于其安装方便，产生blas_LINUX.a。若选用其他blas库，则需要make cblaswrap，不过这一步楼主并没有实践，因此有兴趣的同学可以自行摸索。

4）在根目录下make，至此安装过程全部完成，产生lapack_LINUX.a。

安装完成后就要使用clapack，clapack 作为一套静态链接库，在使用过程直接链接即可。因此首先编写测试代码，所使用的测试代码来自于以下地址：http://www.netlib.org/clapack/faq.html#1.4 1.9节。

代码如下：

/* Start of Listing */

#include "f2c.h"
#include "stdio.h"
#include "clapack.h"

#define SIZE 4

main( )
{
     char JOBU;
     char JOBVT;

     int i;
    
     integer M = SIZE;
     integer N = SIZE;
    
     integer LDA = M;
     integer LDU = M;
     integer LDVT = N;
     integer LWORK;
     integer INFO;
   
     integer mn = min( M, N );
    
     integer MN = max( M, N );
     
     double a[SIZE*SIZE] = { 16.0, 5.0, 9.0 , 4.0, 2.0, 11.0, 7.0 , 14.0, 3.0, 10.0, 6.0, 15.0, 13.0, 8.0, 12.0, 1.0};
     double s[SIZE];
     double wk[201];
     double uu[SIZE*SIZE];
     double vt[SIZE*SIZE];
     
       JOBU = 'A';
     
       JOBVT = 'A';
     
    LWORK =  201;
    
/* Subroutine int dgesvd_(char *jobu, char *jobvt, integer *m, integer *n, 
        doublereal *a, integer *lda, doublereal *s, doublereal *u, integer *
        ldu, doublereal *vt, integer *ldvt, doublereal *work, integer *lwork, 
        integer *info)
*/

    dgesvd_( &JOBU, &JOBVT, &M, &N, a, &LDA, s, uu, 
          &LDU, vt, &LDVT, wk, &LWORK, &INFO);
          
    printf("\n INFO=%d", INFO );          

    for ( i= 0; i< SIZE; i++ ) {
        printf("\n s[ %d ] = %f", i, s[ i ] );
    }

    return 0;
}     

/* End of Listing */

根据安装说明，程序在链接时需要使用的静态库有blas_LINUX.a、lapack_LINUX.a、libf2c.a，但在编译libf2c.a时发现其中有main函数，测试程序中同样具有main函数，如果直接编译会出现main函数重定义的情况，因此先试着写了一个makefile看是否还存在其他问题，makefile如下，其实只有一句话。

gcc -o my_test_lapack -I./INCLUDE -L./ lapack_LINUX.a blas_LINUX.a libf2c.a -lm my_test_lapack.c

结果错误如下：

my_test_lapack.c: In function ‘main’:
my_test_lapack.c:48:5: warning: format ‘%d’ expects argument of type ‘int’, but argument 2 has type ‘integer’ [-Wformat=]
     printf("\n INFO=%d", INFO );          
     ^
/tmp/ccLtDGCS.o：在函数‘main’中：
my_test_lapack.c:(.text+0x0): `main'被多次定义
libf2c.a(main.o):(.text.startup+0x0)：第一次在此定义
libf2c.a(main.o)：在函数‘main’中：
(.text.startup+0x87)：对‘MAIN__’未定义的引用
/tmp/ccLtDGCS.o：在函数‘main’中：
my_test_lapack.c:(.text+0x229)：对‘dgesvd_’未定义的引用
collect2: error: ld returned 1 exit status

通过观察发现main函数确实重定义了，通过nm与grep命令组合的方式，确定main函数在main.o中。因此第一个想法是把main.o从libf2c.a中删除，使用如下命令：

ar -dv libf2c.a main.o

结果如下：

d - main.o

代表被删除的模块。而后再次运行makefile文件

结果如下：

my_test_lapack.c: In function ‘main’:
my_test_lapack.c:48:5: warning: format ‘%d’ expects argument of type ‘int’, but argument 2 has type ‘integer’ [-Wformat=]
     printf("\n INFO=%d", INFO );          
     ^
/tmp/ccWCXPdq.o：在函数‘main’中：
my_test_lapack.c:(.text+0x229)：对‘dgesvd_’未定义的引用
collect2: error: ld returned 1 exit status

发现dgesvd函数仍然未定义，同样使用nm与grep命令相结合的方式，查找dgesvd函数的实现，在lapack_LINUX.a找到相关定义，结果如下：

dgesvd.o:
0000000000000000 T dgesvd_

发现dgesvd确实已经实现了，直接使用“对‘dgesvd_’未定义的引用”进行搜索，结果发现这篇博客中介绍的方法： http://www.linuxdiyf.com/linux/16754.html

原来是文件依赖顺序的问题，因此修改makefile文件为：

gcc -o my_test_lapack my_test_lapack.c -I./INCLUDE -L./ lapack_LINUX.a blas_LINUX.a libf2c.a -lm

结果问题就得到了顺利解决，尝试运行程序，结果为：

 INFO=0
 s[ 0 ] = 34.000000
 s[ 1 ] = 17.888544
 s[ 2 ] = 4.472136
 s[ 3 ] = 0.000000

好问题来了，要是我们把main.o加回到libf2c.a中会出现什么情况，使用命令如下：

首先使用“ar -t libf2c.a”命令查看obj文件顺序，发现f77vers.o是第一个文件。

然后使用

ar -rbv f77vers.o libf2c.a main.o

命令将main.o重新加入到libf2c.a，并运行makefile，结果如下：

my_test_lapack.c: In function ‘main’:
my_test_lapack.c:48:5: warning: format ‘%d’ expects argument of type ‘int’, but argument 2 has type ‘integer’ [-Wformat=]
     printf("\n INFO=%d", INFO );          
     ^

编译同样通过，怎么不报重定义的错误了？？？？，运行以下看看结果是不是对的，运行结果如下：

 INFO=0
 s[ 0 ] = 34.000000
 s[ 1 ] = 17.888544
 s[ 2 ] = 4.472136
 s[ 3 ] = 0.000000

与上面的运行结果完全相同！！！！

不知道大神有没有时间完整的看完这篇blog，并帮我解决问题。