Packmol 的安装

最新推荐文章于 2023-11-02 20:39:47 发布
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分类专栏： MD工具的安装
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本文链接：https://blog.csdn.net/u014561770/article/details/23029991
版权
packmol可用于将单个分子复制扩展成多个分子构成的团簇或体系，生成用于分子模拟的.pdb ,.XYZ,.mol2等文件
下载地址：http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
网站上有详细的使用方法简介


安装方法
1. 将下载的packmol.tar.gz 解压到  ~/packmol 下

2. 执行

./configure gfortran

或选择其他编译器 ，如果无法定位编译器，自行设定编译器路径

./configure /path/to/your/compiler/yourcompiler

3. 执行 

make


Felix_SH！
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06-23 1319
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用文/Sobereva@北京科音 2019-Mar-23由于经常有人问Packmol怎么安装、怎么用，这里就写一篇文章，做一个完整的介绍，初学者应该都能读懂，之前用过的人看了可能还能了解一些之前没注意到的细节和技巧。笔者在北京科音的分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content...
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packmol安装教程 packmol官网下载packmol.exe。 windows下已经编译好了，所以可以直接用，就是下载后不需要进行其他操作的意思… 不过为了可以在任意文件路径下使用packmol.exe，最好将packmol添加到环境变量里面。 运行方法： 准备一个.inp的文件进行测试运行，可以从官网的example例子里面找； 进windows cmd执行packmol < bilayer.inp使用； 备注：【inputfile.inp】是个举例说明的文件的例子… ...
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11-02 841
export PATH=$PATH:/home/***(用户名)/software/packmol (可执行文件所在目录)新服务器的账号需要进行配置（以下操作在Linux系统下进行，具体安装教程参考 ：）输入packmol，看是否能正常启动并显示和packmol有关的信息。我之前博文也有写过（packmol需要gfortran编译器）结束后会多很多文件，其中包括一个可执行文件 packmol。输入make即可编译（10s左右）将安装包放到账号下的任意文件夹里。进入.bashrc文件。
MD学习网站汇总【自用】
这是一个正经的RR 【Seriously
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msi2lmp 使用方法 msi2lmp.exe <ROOTNAME> {-print #} {-class #} {-frc FRC_FILE} {-ignore} {-nocenter} {-shift # # #} — <ROOTNAME>写自己的.car文件以及.mdf文件名，两类型文件名字一般是一致的 — -print == -p【0 只输出错误信息，1 最小输出（默认）2 冗长输出（通常用于开发和检查新数据文件的一致性），3 更详细输出（额外的debug信息）】
在linux系统下安装packmol报错
baguette的博客
03-25 647
通过命令“gfortran -v”，可以查看gfortran是否安装成功。2.安装packmol的第三步里是默认有gfortran编译器的，如果没有可以根据后面的链接进行下载和安装。可以根据自己的报错情况进行尝试，最后反正我这边是能用了...（只要它工作，就别乱动）），GitHub这里写的很详细了，提供的下载版本包括两种安装包。#呀嘿，这次我学聪明了，写一行就保存一次。1.安装packmol（
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ubuntu 下设置系统环境变量
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Lammps的安装
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Lammps版本升级较快，各种版本安装过程大致相同，可根据不同版本微调。 一、lammps非并行安装（单机版） 1、解压lammps数据包：  gunzip lamps.tar.gz tar xvf lamps.tar 为方便可以将解压得到的lammps重命名 mv lammps-1May10  lmp   2、cd ~/lmp/src/STUBS

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