小组学习——day3-linux环境下的软件安装

一、conda的介绍

最方便快捷的软件下载器
anaconda>miniconda>conda

二、Miniconda下载

1. 百度搜索 miniconda 清华
2. 找到miniconda镜像网站下载
3. 查看服务器多少位
   uname -a
4. 安装最新版本
   Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   版本下载地址URL
   https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
5. 切换到相关目录
   cd ~/biosoft
6. 下载
   wget[option][URL]
   URL就是刚刚的版本地址

三、Miniconda安装

1. 安装
   bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 中间选择（该出手时就出手）
   enter
   yes

3. 激活
   source ~/.bashrc

4. 添加镜像

   使用中科大的镜像

conda config --add channels
https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

四、使用conda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表
   conda list

2. 安装软件
   conda install fastqc -y

   • conda install 软件名（-y 表示安装过程都选yes）
   • conda install 软件名=0.11.7（可以选择版本）
     3.确认fastqc软件是否安装成功
     fastqc --help

3. 卸载软件
   conda remove fastqc -y

五、conda环境

1. 先查看当前conda有哪些环境
   conda info --envs
   （*是默认环境）
2. 建立conda环境
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   (建立名为rna-seq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc ，trimmomatic)
3. 再次查看conda环境
   conda info --envs
4. 激活新的conda环境
   conda activate rna-seq
   （激活新的conda环境，默认的星号会转移，用户名前的base会变成rnaseq）
5. 可以输入fastqc再次检查环境
6. 退出当前环境
   conda deactivate

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