生信星球崛起——Day1

最新推荐文章于 2024-10-24 21:40:12 发布

uuiiq12

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文章标签：改行学it 程序人生创业创新

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版权

1. 搜索

谷歌镜像~~不然要用梯子~~

必应

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2.Markdown笔记

2.1标题等级

#是表示标题等级，#越多标题等级越低

2.2代码块


a=1

中间写代码，前后写三个反引号

2.3 引用

生信星球，花花今天刚发的记得要引用@花花

3 思维导图

分好节点，条理更清晰

4.后期Markdown语法学习

官方学习
或者其实CSDN博客也有教

确定要放弃本次机会？

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外泌体相关基因肝癌临床模型预测——2-3分纯生信文章复现——介绍

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生信星球学习小组DAY7-微微

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生信星球学习小组DAY7-微微今天是在生信星球学习的最后一天，感谢花花老师和豆豆老师七天的陪伴，通过这七天比较系统的学习，为我正式踏入生信的学习之路提供了很好的指引。在接下来的日子里，我也会继续关注生信星球以及生信技能树这两个优秀的公众号，继续学习生信的相关知识；同时在学习的过程中，我也会保持在学习小组这七天养成的记笔记（思维导图）的好习惯，便于自己更好的掌握学习的知识。哈哈哈，最后一天感慨有一些多，总之再次感谢花花老师和豆豆老师建立学习小组，带我们这些小白入门。好啦，言归正传，最后一天主要学习了测序的

6. 生信技能树——TCGA癌症数据1

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因为是癌症方面，自己不研究这一方面，所以不常用，但是GEO的转录组数据，是根据这个文件改写的 0.安装包 options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F) options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu

BGI-College生信入门系列——1、课程概览

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想学生信没有“师傅”领入门？所谓万事开头难，入门要讲究方法。我们接受知识的模式从小就被训练成以听课为主，所以看视频课自然是快速入门生信的首选方案！目前网络上生物信息学的入门视频课程相对较少，精挑细选一番后决定安利下面2个课程：一个是华大基因学院幕序平台（http://www.x-omics.org/）的《生物信息分析员认证》，刚好双十一有认证课程的促销活动，全年最低价，感兴趣的朋友可以进入慕序平台了解活动详情。另外一个是中国大学MOOC（https://www.icourse163.org/）里面山东大学

生信星球学习笔记DAY3-微微

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生信星球学习笔记DAY3-微微今天是在生信星球学习的第三天，主要学习了linux系统下的软件安装，不得不说，初次接触bug很多啊，不过还是学到了好多知识，开心！最后成功安装了miniconda以及练习的fastqc软件，撒花！ ...

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03-10

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生信星球学习小组DAY6-微微今天的学习内容主要是R包的初步学习，以常用的数据框数据处理包dplyr的学习为例：思维导图今天学习的代码

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生信星球学习笔记DAY2-微微今天的学习任务是Linux,具体内容见思维导图以上是今天的学习内容

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GSE83521和GSE89143数据合并 1.下载数据 rm(list = ls()) library(GEOquery) library(stringr) gse = "GSE83521" eSet1 <- getGEO("GSE83521", destdir = '.', getGPL = F) eSet2 <- getGEO("GSE89143", destdir = '.',

基础生信分析——富集分析（1）

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KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）和GO（Gene Ontology）是两种常用的基因功能和通路富集分析方法，可以帮助研究人员理解基因集合中的功能和通路特征。以下是对KEGG/GO富集分析的简要介绍：KEGG富集分析：KEGG富集分析基于KEGG数据库，对基因集合中的基因进行功能注释和通路富集分析。通过将基因集合与KEGG数据库中的通路注释进行比较，可以确定哪些通路在给定基因集合中过度表示。

7. 生信技能树——TCGA癌症数据2

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一. “生存分析前的数据整理” 1.读入数据表达矩阵只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为exprSet；临床信息需要进一步整理，成为生存分析需要的格式，新临床信息数据命名为meta。由于不同癌症的临床信息表格列名可能不同，这里的代码需要根据实际情况修改。 rm(list=ls()) proj = "TCGA-KIRC" load(paste0(proj,".Rdata")) library(stringr) 2.整理表达矩阵不需要正常样本；使用logCPM或log

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一、为什么需要生物数据库上期在介绍GenBank格式时举了新冠病毒基因组的例子，仅一个S基因就长达3822 nt（nucleotide，这里指核苷酸数），基因组全长接近3万个碱基。 LOCUS NC_045512 29903 bp ss-RNA linear VRL 18-JUL-2020 ... gene 21563..25384 /gene="S"

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从直觉上看，数据貌似很好理解，但真正要说清楚数据这个词却有点困难。想一想，数据到底是什么呢？数据的定义实际上包含两方面内容，即信息的符号和设计。其中信息的设计，也就是数据的格式，决定了读者从中获取有效信息的难易程度。人们经常忽略的一个事实——数据的格式和数据本身同等重要。生物信息学中的数据传统的生物学家可能会认为，生物信息学是一种将数据转换成结果的软件。实则不然，生物信息学只是将一种格式的数据，转换成另一种格式的数据。这种格式转换往往带来信息的综合和优化。数据格式生物信息学中几种常见的数

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