Gillespie算法的Python简单实现（实例）

最新推荐文章于 2023-08-18 23:53:06 发布

valencia_fan

最新推荐文章于 2023-08-18 23:53:06 发布

阅读量3.5k

点赞数 2

分类专栏： Python 文章标签： python

本文链接：https://blog.csdn.net/valencia_fan/article/details/112426122

版权

本文介绍了Gillespie算法的基本概念，通过Python实现了一个模拟mRNA翻译为蛋白质过程的实例，详细阐述了代码实现的各个部分，并分析了计算结果与参数的关系，展示了拟合图像。

摘要由CSDN通过智能技术生成

Gillespie算法的Python简单实现（实例）

前言

一位化院的朋友的期末作业，寻求帮助，因此了解学习了一下gillespie算法，并简单实现了该算法，实例化了mRNA翻译蛋白质的过程。

一、Gillespie是什么？

个人理解，Gillespie算法是一种将连续的化学反应转换为离散步骤模拟的算法。

二、题目

在这里插入图片描述

简单来说就是利用Gillespie算法拟合mRNA翻译为氨基酸链的过程，并带入多组参量计算氨基酸链生成速度。

三、代码

本文代码部分段来自python简单实现gillespie模拟

1.引入库

代码如下：

import numpy as np
from scipy.special import comb  # 科学计算
import matplotlib.pyplot as plt  # 绘图

2.类定义

封装了反应类和系统类，主要来源上述链接文章：

class Reaction:  # 封装的类，代表每一个化学反应
    def __init__(self, rate=0., num_lefts=None, num_rights=None):
        self.rate = rate  # 反应速率
        assert len(num_lefts) == len(num_rights)
        self.num_lefts = np.array(num_lefts)  # 反应前各个反应物的数目
        self.num_rights = np.array(num_rights)  # 反应后各个反应物的数目
        self.num_diff = self.num_rights - self.num_lefts  # 改变数

    def combine(self, n, s):  # 算组合数
        return np.prod(comb(n, s))

    def propensity(self, n):  # 算反应倾向函数
        return self.rate * self.combine(n, self.num_lefts)


class System:  # 封装的类，代表多个化学反应构成的系统
    def __init__(self, num_elements):