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很熟悉的处理方式，想到一开始用的seurat v4版本，这里得谨慎一点。翻翻找找最开始入门踩坑的代码。把代码粘到onenote里面再用“remove”搜索，拍脑门，“在r script里面可以直接用“remove”搜索不就得了，反正也是一个个打开之前的r来找”昨晚装irGSEA，一堆依赖的包not available。载入昨晚保存的，等着用irGSEA的rdata，唉唉...代码和我都不太聪明的样子，继续捣腾。去作者那儿看看有没有和我一样的小倒霉蛋。开始用的jimmy老师的代码没成功呜呜。
2024-03-11 07:55:30
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原创 关于umap和tsne选哪一个
如果数据非常大，比如有4，5以及十几个样本合并，那么我们可以选择umap。因为数据比较大，降维过程电脑运行比较慢，带不动。如果是小样本量，建议选择tsne。可以看到umap很多空白都没利用起来，很多细胞群叠在一块，没有办法看到细胞之间分的怎么样。tsne的分群效果明显优于umap。我这次分析的是3个，看图也感觉umap比较好。上面是我自己跑出来的图。
2024-03-09 17:20:39
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原创 关于CCA实操
所以偷了懒装作视而不见。（靠 空调又开始运行了 吓我一跳 ”人怎么可以被死的资料/工具/数据/代码折磨！即便知道文献中使用的是CCA，但 一开始找到的代码是harmony，言归正传 还是学习CCA吧，因为发现聚类的效果不满意。出现了超出维度的报错，去查一查现在的PCA是多少吧。20，调一调，看是不是20就可以了~~指路jimmy老师的代码。
2024-03-09 15:42:31
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原创 生信小博士的直播第二场-从GEO数据库开始处理数据 学习笔记
第二场视频中提到了一个互助群，有了解的朋友吗？我想加入这个群，可以的话，请拉我进群，因为老板放羊型科硕还是有大把自学时间的，希望可以在群里和大家互帮互助。在视频的末尾作者提到了取子集后还得再跑一次降维聚类分群，🤔，在某乎上找到jimmy老师的解释，还是有点云里雾里的，继续摸索了捏。又及，发现了人家有CSDN，关注上了！
2024-03-06 17:57:16
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原创 Doublefinder去除双细胞实操record
起初是想要复现一篇文章中的分析。好好好 又报错是吧，查看一下你是不是又改名了。工作路径下读取的三个文件来自于以下网址。希望单细胞学习之路上大家可以好好的。
2024-03-04 16:31:22
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原创 关于DoubletFinder::paramSweep_v3
在网上找到的教程使用的都是DoubletFinder包的paramSweep_v3函数，但是我出现了找不到这个函数的报错。推荐了自己手动修改paramSweep这个函数的源代码的解决方案。好像是因为这个包更新，适应S5对象，结果索引到需要操作的对象时，会找不到。而是选择删除了自己原有的DoubletFinder包，而安装这位朋友。在DoubletFinder的评论区发现有人遇到了同样的问题。于是使用新的函数名字paramSweep，但是。唉唉，新学单细胞测序可真是路漫漫，困难重重那。
2024-03-04 15:26:47
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原创 单细胞测序学习ing
一开始单细胞，果然踩坑了，安装了最新的seurat v5，想要复现的文章的代码就会报错，毕竟树神jimmy提到小白一同操作就是容易踩坑。想到这儿，记录一下，说不定后来有人需要呢。买了做科研的大师兄的知识星球，可贵 但是因为观察了很久，应该是值得的。剩下的就是师傅领进门，修行靠个人。版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
2024-03-04 11:12:46
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原创 关于【载入了名字空间‘S4Vectors’ 0.32.4，但需要的是＞= 0.33.7】报错的解决
Error: package or namespace load failed for ‘GSVA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 载入了名字空间‘S4Vectors’ 0.32.4，但需要的是>= 0.33.7。参考：CSDN博主「石榴花专场」的原创文章，原文链接：https://blog.csdn.net/m0_59917021/article/details/127059143。
2023-10-24 09:00:33
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原创 Stata17安装后遇到Java installation not found问题解决方法（续集
set java_home "E:\stata17\外部命令\jdk-17.0.6_windows-x64_bin\jdk-17.0.6"本文链接：https://blog.csdn.net/qq_19309473/article/details/130157981。版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-NC-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。在评论区受作者评论启发，通过“搜索”“此电脑”自行找到了电脑里的“JDK 文件的安装地址”查到了上述解决办法，出现如下报错。
2023-10-13 14:01:35
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原创 GO,KEGG分析报错
1.做GO富集分析的的时候出现：【Error in h(simpleError(msg, call)) : 在为'pairwise_termsim'函数选择方法时评估'x'参数出了错: simplify only applied to output from gsegO and enrichGO...】2.使用光叔的“clusterProfiler包”给做KEGG富集分析的时候，提示没有基因富集到匹配的通路：于是较上劲了。换成"亚卡达力biu"的GO富集分析代码后能用，故搁置。下为一些代码记录斗争史。
2023-10-06 15:23:36
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原创 关于link buds s连接电脑后，重新切换成手机没声音的解决
耳机连上电脑时有一个奇怪的现象，就是电脑音量会自动弹到100，于是自己手动将音量调低。从电脑断开连接后，换连到手机上，无论如何尝试（包括 重新配对 重启手机）都听不见声音，后来将耳机连上手机，把声音调最高，听见了些微的声音，联想到开头的那个现象。将耳机连上电脑，并把音量调到100，再断开并连上手机，解决。
2023-09-23 08:38:17
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原创 关于r studio启动巨慢的解决
系统分配给R语言的内存调整:::如果你的电脑是64位的，那就输入memory.limit(102400)，把使用上限调到100G。如果你的电脑是32位的，那就输入memory.limit(4000)，把系统分配给R语言的内存使用上限调到4G，因为32位系统只能支持4G内存。对于一些很大的但无用的中间变量，养成清理的习惯：可以使用rm(object)删除变量，但是记住，rm后记得使用gc()做Garbage collection，否则内存是不会自动释放的，相当于你没做rm.这样第二次打开就很快了。
2023-09-22 11:46:33
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原创 关于安装mindr包时，出现r包与已有R语言版本不兼容的warning问题解决
版权声明：本文为CSDN博主「Xiaofei@IDO」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。版权声明：本文为CSDN博主「Xiaofei@IDO」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。版权声明：本文为CSDN博主「prumin」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。接着学习怎么安装github来源的包，参考以下链接中提到的方法一。参考：《R语言github软件的两种安装方式。
2023-09-20 19:28:58
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原创 医咖会stata 笔记（自己能看懂版
感谢brain 老师和 所有跟制作教程有关 评论区热心解答问题 的人results：输入的代码+结果 如果运行出错，也会显示Command：输入代码 regrets y x 课程之后会用do file 可以替代 commandReview：回顾之前的操作 第一栏command 之前用过的代码第二栏RC error code 如果之前的代码错了，RC 会是红色Variables：变量Properties：变量的类型是数值型、逻辑型Note：还有注意的Log：将
2023-04-21 15:35:40
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空空如也
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