irGSEA准备

昨晚装irGSEA，一堆依赖的包not available

一大早起来装包。

开始用的jimmy老师的代码没成功呜呜

irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架

去作者那儿看看有没有和我一样的小倒霉蛋。

Install error · Issue #20 · chuiqin/irGSEA · GitHub 

解决

载入昨晚保存的，等着用irGSEA的rdata，

载入了名字空间‘Matrix’ 1.6-1.1，但需要的是>= 1.6.3

唉唉...代码和我都不太聪明的样子，继续捣腾

Seurat包安装问题 - 简书

install.packages("Matrix")

很熟悉的处理方式，想到一开始用的seurat v4版本，这里得谨慎一点。翻翻找找最开始入门踩坑的代码。把代码粘到onenote里面再用“remove”搜索，拍脑门，“在r script里面可以直接用“remove”搜索不就得了，反正也是一个个打开之前的r来找”

好笨。

# 4 download from URL
remove.packages("SeuratObject")
remove.packages("Seurat")

options(repos='http://cran.rstudio.com/')
packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz" 
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz" 
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

* DONE (Seurat)

成了。隔几十年回来看笨蛋 笑鼠。