昨晚装irGSEA,一堆依赖的包not available
一大早起来装包。
开始用的jimmy老师的代码没成功呜呜
去作者那儿看看有没有和我一样的小倒霉蛋。
Install error · Issue #20 · chuiqin/irGSEA · GitHub
解决
载入昨晚保存的,等着用irGSEA的rdata,
载入了名字空间‘Matrix’ 1.6-1.1,但需要的是>= 1.6.3
唉唉...代码和我都不太聪明的样子,继续捣腾
install.packages("Matrix")
很熟悉的处理方式,想到一开始用的seurat v4版本,这里得谨慎一点。翻翻找找最开始入门踩坑的代码。把代码粘到onenote里面再用“remove”搜索,拍脑门,“在r script里面可以直接用“remove”搜索不就得了,反正也是一个个打开之前的r来找”
好笨。
# 4 download from URL
remove.packages("SeuratObject")
remove.packages("Seurat")
options(repos='http://cran.rstudio.com/')
packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
* DONE (Seurat)
成了。隔几十年回来看笨蛋 笑鼠。