《揭秘生发中心：基于代理的细胞动态模拟》

在免疫学领域，生发中心（Germinal Center，GC）的研究一直是科学家们关注的焦点。Jared Brian Hawkins在塔夫茨大学免疫学系提交的博士论文《揭秘生发中心：基于代理的细胞动态模拟》中，通过开发一种基于代理的计算机模拟框架PathSim2，对人类免疫系统的动态进行了全面建模，尤其关注淋巴组织内的局部细胞相互作用。

该模拟预测，无论是对初级卵泡还是包含生发中心的活化次级卵泡的生成和维持，都可以通过淋巴节点内密集细胞环境中的空间竞争驱动的趋化性行为来解释。具体来说，模拟预测趋化性驱动的竞争足以作为新兴行为，产生生物学上准确的GC行为，包括宏观层面的自我组织结构形成和解剖学（包括轻、暗和边缘区域的创建）以及单细胞层面的运动动态（包括特征性的“持续随机游走”和区间穿越行为）。

这是首次为GC B细胞复杂且之前未被解释的“持续随机游走”运动提供了潜在机制的解释。研究的关键见解是，只有在细胞在GC密集打包环境中为空间竞争而受到不可压缩性调节时，趋化性才能产生这些行为。通过成功预测三个独立团队报告的活体内研究中观察到的运动行为，模型得到了验证。这是首次对这些数据进行全面分析和比较，并证明它们在大多数情况下是完全一致的。最后，研究表明，这些数据都可以被一个新的生发中心动力学模型——“改进的循环再入”模型所解释。

除了局部细胞相互作用，PathSim2还生成了生理全身淋巴细胞群体。淋巴细胞在血液和淋巴系统库之间循环，争夺有限的生存资源。这个封装的模型足以重现实验观察到的群体动态。因此，PathSim2作为一个完整的框架，用于研究感染及其对整个免疫系统的影响。论文的长期目标是使用这个模拟框架来模拟Epstein-Barr病毒的感染动态和持续性。

在感谢章节中，作者首先感谢他的导师David Thorley-Lawson博士，为他提供了从事这样一个有趣且引人入胜的项目的机会。尽管计算机模拟在免疫学领域仍然是一项新技术，并且因此受到一些担忧，但David努力教导作者如何清晰、有力地向系里展示他们的工作，使他人相信模拟在探索生物模型方面的实用性。作者还感谢所有实验室成员，无论是现在的还是过去的，他们提供了宝贵的交流，并使实验室成为一个伟大的工作场所。

作者对Mark Jones和Paul Plassmann（弗吉尼亚理工学院）的合作表示极大的感激，没有他们，这个模拟就不可能存在。除了在开发模拟过程中进行的所有物理、编程和数学验证工作外，Mark和Paul还花费了大量的业余时间与作者紧密合作多年。作者在加入这个项目时没有任何模拟背景，通过他们的耐心，Mark和Paul为作者提供了宝贵的教育经历。此外，作者还感谢扩展建模小组的成员（Mike Shapiro、Edgar Delgado-Eckert和Karen Duca）多年来有趣且信息丰富的讨论。

最后，作者感谢Christopher Allen、Takaharu Okada、Jason Cyster、Tanja Schwickert、Michel Nussenzweig、Anja Hauser和Ann Haberman（他们提供了形成其发表文章基础的完整原始数据集，作者在这里用来测试模拟预测），感谢他的委员会成员（Peter Brodeur、Stephen Bunnell、Alexander Poltorak和John Coffin），感谢外部考官Garnett Kelsoe，感谢他的同学（Meghan、Korynn、Yi-Fen、Jie和Jane）在课程和演讲中提供无数帮助，最重要的是作为伟大的朋友，感谢他的朋友Julian Rosado协助制作Flash动画，感谢塔夫茨医疗中心的组织学提供扁桃体组织学切片，以及整个免疫学系（学生、教师和员工）。

作者期待继续在PathSim2上的工作，调查Epstein-Barr病毒感染和持续性的动态。