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分子动力学模拟
分子动力学模拟
wangshuai_simulation
这个作者很懒,什么都没留下…
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计算生物化学中计算RMSD的方法
vmd 中计算RMSD的方法:(http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node7.html)amber中计算RMSD的方法:(http://ambermd.org/tutorials/analysis/tutorial1/)原创 2018-01-25 00:28:35 · 10872 阅读 · 0 评论 -
分子动力学模拟-轨迹处理-求平均结构
利用amber的cpptraj求动力学轨迹的平均结构(蛋白核酸复合物):先导入轨迹然后有下面三种叠合(align)方式1. rms first mass @所有蛋白核酸复合物的骨架原子2. rms first3. rms first mass @所有核酸骨架原子(没有蛋白的骨架原子)图中红色复合物构象(对应方法1)最扁,深蓝色的(方法2)次之,浅蓝色(方法3)的是正原创 2017-04-07 17:40:00 · 4796 阅读 · 1 评论