分子动力学模拟-轨迹处理-求平均结构

利用amber的cpptraj求动力学轨迹的平均结构（蛋白核酸复合物）：

先导入轨迹

然后有下面三种叠合（align）方式

1. rms first mass @所有蛋白核酸复合物的骨架原子

2. rms first

3. rms first mass @所有核酸骨架原子（没有蛋白的骨架原子）

图中红色复合物构象（对应方法1）最扁，深蓝色的（方法2）次之，浅蓝色（方法3）的是正常的，说明三种叠合方式里面方法3最为可信一点。

叠合之后的步骤是： average abc.pdb pdb   --->  得到平均结构