Annote_SV安装与简单使用

最近想学的Structure Variant注释，就试一下这个引用率很高的软件，先安装，具体操作后面再补，有manual

1. 下载包
   软件包下载（选择自己喜欢的版本就好）：
   https://www.lbgi.fr/AnnotSV/downloads
   需要安装tcl、bedtools
   一句conda不要太简单啦

conda install -c intel tcl
conda install -c bioconda bedtools

bedtools同上
2. 安装AnnotSV

tar -xvf AnnotSV_2.2.tar.gz
cd AnnotSV_2.2/
#我是直接安装在了当前文件夹下，所以很快啦
make PREFIX=. install 

安装完了以后就是所有文件夹
官网给的环境变量添加,这是我自己的，我自己又加了个快捷方式，也可以照着manual自己做吧

vi ~/.bashrc
export ANNOTSV="/share/users_root/lzh/SV/AnnotSV_2.2"
source  ~/.bashrc

vi ~/.bashrc_profile
alias AnnotSV='/share/users_root/lzh/SV/AnnotSV_2.2/bin/AnnotSV/AnnotSV.tcl'
source ~/.bash_profile

直接 执行命令：AnnotSV就可以咯
运行：

AnnotSV -SVinputFile test.sv.vcf >& test.log &

输出的是.tsv，我一般就关注致病性的问题，可以修改OMMIM、1000G库啊什么的，因为我看版本很新，觉得暂时不用改库，更新库就根据manual自己来吧，有需要我再更新