线性混合模型

setwd(“F:\论文\博士文章1\数据”)
#读入抽平后的otu表
library(readxl)
a = read_excel(“12.xlsx”,sheet = “Sheet2”)
a <- as.data.frame(a)

安装和加载lme4包

library(lme4)

读取数据（假设数据存储在一个名为data的数据框中）

data <- a

将type变量转换为因子，并将QY设置为参照组

data$type<-factor(data$type, levels = c(“QY”, “TMHC”, “ZL”, “FZ”))
contrasts(data$type) <- contr.treatment(4)

建立混合效应模型

model <- lmer(buke ~ type + (1 | site) + (1 | year), data = data)

查看模型结果

summary(model)

##############################

setwd(“F:\论文\博士文章1\数据”)
#读入抽平后的otu表
library(readxl)
a = read_excel(“13-计算相关性.xlsx”,sheet = “all”)
a <- as.data.frame(a)

安装和加载lme4包

library(lme4)

读取数据（假设数据存储在一个名为data的数据框中）

data <- a

将type变量转换为因子，并将QY设置为参照组

建立混合效应模型

model <- lmer(spearmanallDR ~ type + (1 | site), data = data,
control=lmerControl(check.nobs.vs.nlev = “ignore”,
check.nobs.vs.rankZ = “ignore”,
check.nobs.vs.nRE=“ignore”)
)

查看模型结果

summary(model)