医学影像文件Dicom到Nifti格式的转换

一、Dicom格式与Nifti格式

dicom格式：即医学数字成像和通信，是医学图像和相关信息的国际标准（ISO 12052）。它定义了质量能满足临床需要的可用于数据交换的医学图像格式。

nifti格式：Nifti 格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划（NIFTI）将 NIfTI 格式预设为 ANALYZE7.5 格式的替代品。它最初的应用领域是神经影像，但是也被用在其他领域。

简单来讲，dcm格式的文件是一张一张的二维slice堆积起来所组成的三维数据，而nii格式的文件本身就是三维的数据，这就更方便进行计算机进行读取和处理。

二、Dicom到Nifti的批量化处理

有许多方法可以将dcm转换为nii格式，这里介绍使用MRIcron这个软件进行批量化转换的处理方法。

MRIcron的安装和环境变量的配置可以参考这篇文章。

在成功安装以及环境变量正确配置的情况下在cmd中输入dcm2nii可以得到下图的输出情况。同时它也展示了如何使用dcm2nii的命令行进行Dicom到Nifti格式的转换。

例如-o指定了输出目录，-g指定了输出.nii的原始格式还是.nii.gz的压缩格式。

1、单个dcm文件夹转换为nii

那么对于单个dcm文件夹到nii文件的转换，可以在命令行中输入：

dcm2nii -g y -o C:\output C:\input

值得注意的是-o后面第一个文件地址是nii文件的输出目录，而第二个才是dcm的文件夹地址。

当然也可以使用MRIcron安装文件夹中的图形化界面dcm2niigui.exe进行转换。

2、批量化处理

知道了如何使用命令行进行dcm到nii的转换，就可以利用python中的os.system进行批量化处理了。

假设文件结构如下所示：

• dicom
  • folder1
    • slice1.dcm
    • slice2.dcm
    • slice3.dcm
    • …
  • folder2
  • folder3
  • …

就可以利用下面代码进行批量化dcm到nii的转换。

def dcm2nii(dicom_path, nii_path):
    for folder in os.listdir(dicom_path):
        src_path = os.path.join(dicom_path, folder)
        dst_path = os.path.join(nii_path, folder)
        if not os.path.exists(dst_path):
            os.makedirs(dst_path)
        os.system(f"dcm2nii -o {dst_path} {src_path}")