cellpose-planer

看到了cellpose无敌的效果而心动,但耗时劝退了我,然后找到cellpose-planer看到:

 看到这个耗时再次蠢蠢欲动,于是按照官网安装后检测安装成功:

但是加载模型时load_model发现在对下载的cyto_0.pla模型转化过程中报错,函数内部将其转成.onnx和.json,.npy,没细看,不知道是否是这个意思,转化过程中就是上面这句有如下报错:通过调试发现body中只有2个元素flow、layers。所以上面那句body['input'],body['inits']就会报错!

所以我想是不是不能像作者写的这样用,作者介绍中写直接下载模型后就可以使用这个demo,内部会对下载的模型进行转化的,现在报错证明下载的这个模型和函数内部不能匹配。是不是作者要我们自己转化后再调这个demo?

终于已解决,我已经将记录和脚本上传到了 cellpose-planer-update.zip-其它文档类资源-CSDN下载 大家可下载使用。感谢此大神的帮助。ImagePy · GitHub

然后再试了下cupy,上传在了cellpose-planer-cp.py-其它文档类资源-CSDN下载

但这个时间怎么和我想的不一样?虽然GPU型号也有关系。 但远远不符合我的预期。

 

另外大神提到了onnxruntime这个微软和intel合作的高性能网络推理引擎,有空研究一下。

另外对于cellpose源码解析可以看看下面这个清华大学博士写得很好。 胞状物体通用分割算法Cellpose解析:开发篇 | 数字旗手 

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