linux安装miniconda_从零开始配置生信环境conda的安装

之前说到了已经购买了云服务器，并将部分脚本上传到了GitHub，且在网站服务器做了备份，但由于时间关系，网站近期并未进行维护。

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突发奇想用云服务器做一些生信的测试用，故开始配置生信环境，今天想尝试的是生信小工具bioawk。

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这里先不查看云服务器本来配置了什么，想必该配置的都有了，直接开始安装conda。

1.  进入网站下载：https://www.anaconda.com/products/individual

What，已经更新到3.8了，不管了，先下载吧。

# wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

为了后续的方便，同时下载2.*版本。

anaconda有点大，所以我准备还是下载miniconda并安装，anaconda暂时不安装。

为了追求最新的，我这里下载的下列版本(注意，最新的或许并不稳定)。

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https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-py27_4.8.3-Linux-x86_64.sh

下载两个4.8版本，放弃上面说的anaconda，因为下载速度实在是太慢了。

为了方便展示，这里将主机名隐藏了，感兴趣的同学可以自己去调.bashrc文件(miniconda是国内服务器下载的，秒)。

两个都安装，因为我之前用的都是python2，所以示范的时候用python2：

sh Miniconda2-py27_4.8.3-Linux-x86_64.sh --> enter -->  yes  --> /Yuan/app/miniconda2 --> yes

好了，安装完成。(在准备做任何事情之前，一定要规划好自己的目录，否则会变得乱糟糟的)

    2. 将新安装的conda写进环境变量，当然，在最后一个yes的之后，我们发现它自己已经写好了：

source

3. 安装生信软件bioawk。

报错了，将环境变量去掉，改成：

export PATH=/Yuan/app/miniconda2/bin:$PATH (这样改了之后就不会出现base的提示了)。

报错说的没有频道，然后去网上找，发现了中科大的频道，果断加进去：

# conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64

# conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

# conda config --set channel_priority flexible

安装成功：

突然发现新服务器没有数据，无法做实例，那就随便看看吧。

# bioawk -c help

bed:

        1:chrom 2:start 3:end 4:name 5:score 6:strand 7:thickstart 8:thickend 9:rgb 10:blockcount 11:blocksizes 12:blockstarts

sam:

        1:qname 2:flag 3:rname 4:pos 5:mapq 6:cigar 7:rnext 8:pnext 9:tlen 10:seq 11:qual

vcf:

        1:chrom 2:pos 3:id 4:ref 5:alt 6:qual 7:filter 8:info

gff:

        1:seqname 2:source 3:feature 4:start 5:end 6:score 7:filter 8:strand 9:group 10:attribute

fastx:

        1:name 2:seq 3:qual 4:comment

这是不同文件的格式说明，其他的功能等下次想起来再展示吧。

以上，

文渊