Linux中生信软件或工具的安装配置

以CentOS为例

Linux有多种发行版本，各种发行版本之间安装软件包的方法和命令不一样，同发行版本之间安装软件包的方法也有不同。
Linux主要有三大派系：

• 红帽派系（Redhat、Centos、Oracle Linux）
• Debian派（Ubuntu、Kali）
• SUSE派系（SuSe、OpenSUSE）

Red Hat是Linux服务器操作系统的主流，本文重点介绍红帽子派系CentOS中利用rpm软件管理机制和yum在线更新模式安装软件包的方法。

---

一、利用自动化shell脚本直接安装 - Linux环境下conda的安装

1）安装conda客户端软件包。

#如果之前没有安装过wget，则会报错，使用如下语句安装wget
yum install wget
#通过镜像下载安装包
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#安装miniconda3
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#后续根据提示选择安装路径或添加到环境变量即可

也可手动添加到环境变量：

vi  ~/.bashrc
export PATH=/path/to/software/conda/conda3/bin/:$PATH

!!! 提示：将conda加入到环境变量中，因为会污染到非conda安装的其他软件，造成不可预知的错误！对于miniconda的使用，如果全新的系统，本来就没配置什么东西，那么它或许是个可供选择的好工具。但如果已经配置了一系列软件和环境，可以参考以下方法来简化输入运行conda！

#通过设置别名来简化输入
alias conda='/path/to/software/conda/conda3/bin/conda'
alias actative='source /path/to/software/conda/conda3/bin/activate'
alias deactative='source /path/to/software/conda/conda3/bin/deactivate'

2）添加频道

#官方channel：
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

查看频道

#显示安装的频道
 conda config --set show_channel_urls yes 
#查看已经添加的频道
conda config --get channels
vim ~/.condarc

二、yum安装

rpm安装软件包的虽然方便，但是需要手工解决软件包的依赖关系。很多时候安装一个软件包需要安装多个其他软件包，还有不同版本的兼容性问题，很复杂。yum解决了这些问题，yum是rpm的前端程序，设计的主要目的就是为了自动解决rpm的依赖关系，有以下优点：

1. 自动解决依赖关系；
2. 可以对rpm进行分组，基于组进行安装操作；
3. 引入仓库概念，支持多个仓库；
4. 配置简单。

1、yum的语法

yum [options] [command] [package ...]
#options：可选参数：1）-h帮助；2）-y，当安装过程提示选择全部为yes，不需要再次确认；3）-q，不显示安装的过程。
#command：待操作的命令。
#package：待操作的软件包名，多个软件包之间用空格分开，支持用星号*匹配。

2、yum的常用命令

1）安装/升级软件包。

yum install package_name

2）升级软件包。

yum update package_name

3）删除软件包。

yum remove package_name

4）查找软件包。

yum search package_name

5）列出所有可更新的软件包清单。

yum check-update

6）更新所有软件包。

yum update

三、conda安装 - vcftools

大量的生信软件都可以通过conda直接安装

conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

1）查看要安装的软件是否存在

conda search vcftools
#一般要安装特定版本时才搜索

2）安装相关命令

#安装指定版本
conda install vcftools（其他版本将会覆盖）
#指定环境安装
conda install bwa -n test  #加-c还可指定频道
#指定软件安装位置
conda install bwa --prefix=/path/to/env/name  #安装后可添加环境变量中或使用全路径
#查看安装位置
which vcftools #一般而言，软件会安装到环境中的bin下；而包或库会安装在conda/lib/pythonx.x/site-packages
#已安装软件
conda list
#更新软件
conda update soft_name
#卸载
conda remove soft_name

四、rpm安装

RPM是RedHat Package Manager的缩写，由RedHat推出的软件包管理管理工具，在Fedora、Redhat、CentOS、Mandriva、SuSE、YellowDog等主流发行版本，以及在这些版本基础上二次开发出来的发行版采用。

RPM包里面包含可执行的二进制程序，自身所带的附加文件，版本文件（软件包的依赖关系）。
参考：
来源：C语言技术网（www.freecplus.net）
作者：码农有道
CentOS7安装软件包的方法