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RSS订阅原创 BGI-College生信入门——5、Linux下的软件安装与Vim编辑器
常用的目录操作命令 当你换了一台新电脑，首要的工作就是给这台新设备配置相应的软件（打工人的必备素养:-O） 与之类似，在Linux上也可以通过上述2种方式进行软件安装 1. 通过Linux的“应用商店”——yum或apt软件管理器 Fedora和SUSE系列的Linux发行版使用yum管理器安装软件 Debian系的Linux发行版使用apt安装软件 2. 通过软件官方网站下载源文件或编译好的包安装 解决方案：使用cpanm工具来安装所依赖的perl模块 进程管理 三种模式的切换方式...
2022-06-09 16:34:10
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原创 BGI-College生信入门——4、Linux操作系统的配置
Linux环境的配置 Windows子系统 Linux虚拟机 在线Linux服务器 Windows subsystem for Linux (WSL) 适用于Linux的Windows子系统 系统版本需要满足 Windows 10 版本 2004 及更高版本（内部版本 19041 及更高版本） Windows 11 P.S. 旧版本Windows安装WSL请参考官方手动安装教程 Step1 管理员身份运行Windows PowerShell Step2 键入下面命令行，安装Ubunt.
2022-04-19 11:13:49
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原创 BGI-College生信入门系列——3、数据库
一、为什么需要生物数据库 上期在介绍GenBank格式时举了新冠病毒基因组的例子，仅一个S基因就长达3822 nt（nucleotide，这里指核苷酸数），基因组全长接近3万个碱基。 LOCUS NC_045512 29903 bp ss-RNA linear VRL 18-JUL-2020 ... gene 21563..25384 /gene="S"
2022-01-29 16:45:30
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原创 BGI-College生信入门系列——2、什么是数据？
从直觉上看，数据貌似很好理解，但真正要说清楚数据这个词却有点困难。 想一想，数据到底是什么呢？ 数据的定义实际上包含两方面内容，即信息的符号和设计。 其中信息的设计，也就是数据的格式，决定了读者从中获取有效信息的难易程度。 人们经常忽略的一个事实——数据的格式和数据本身同等重要。 生物信息学中的数据 传统的生物学家可能会认为，生物信息学是一种将数据转换成结果的软件。 实则不然，生物信息学只是将一种格式的数据，转换成另一种格式的数据。 这种格式转换往往带来信息的综合和优化。 数据格式 生物信息学中几种常见的数
2021-11-29 10:25:45
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原创 Circos入门教程
1 Circos简介 Circos是一个非常酷炫的基因组数据可视化软件，能够将基因组数据映射到环形的基因组坐标上，用相互嵌套的环道来展示基因组数据，还可以通过连接线来呈现基因组区块之间的关系。Circos的开发者是一位加拿大的生物信息学家Martin Krzywinski，值得一提的是，他还是一位专业的摄影师。于是，科学和艺术的交融，催生了Circos这款强大的可视化软件，果真不懂艺术的码农不是好的生物学家。 自从Circos诞生以后，圈图就成了生物信息可视化的明星图形，不时见诸顶尖杂志的文章。尽管有意见
2021-11-12 10:19:36
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原创 Windows安装圈图软件circos
Circos是使用Perl语言编写，采用GPL许可，可以运行于任何有Perl语言解释器的操作系统的免费软件。Circos本身不进行数据处理，所以在Windows上安装，更方便编辑纯文本的配置文件，同时查看圈图输出的图片(PNG)或矢量图片(SVG)的再次调试。 软件下载： Circos：http://www.circos.ca/ Perl的Windows安装包：https://strawberryperl.com/ Perl的依赖模块下载：https://www.cpan.org/ 安装步骤： 1、下载Ci
2021-11-10 10:42:17
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原创 BGI-College生信入门系列——1、课程概览
想学生信没有“师傅”领入门？所谓万事开头难，入门要讲究方法。我们接受知识的模式从小就被训练成以听课为主，所以看视频课自然是快速入门生信的首选方案！ 目前网络上生物信息学的入门视频课程相对较少，精挑细选一番后决定安利下面2个课程：一个是华大基因学院幕序平台（http://www.x-omics.org/）的《生物信息分析员认证》，刚好双十一有认证课程的促销活动，全年最低价，感兴趣的朋友可以进入慕序平台了解活动详情。另外一个是中国大学MOOC（https://www.icourse163.org/）里面山东大学
2021-11-08 11:15:19
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原创 绘图的基本元素（ggplot2实现）
一、为什么要进行数据可视化？ 1.相比于文字，将文字进行可视化可以让大脑能够同时处理更多的数据。例如，如果读到下面一段文字 3rd Street is to the north of 4th Street. Peach Avenue runs perpendicular to 3rd and 4th streets. On the southeast corner of 4th and Peach is a coffee shop. On the northwest corner of 3rd and P
2021-02-20 16:21:04
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原创 R语言学习之R程序包安装
R实际是通过命令操作软件，命令实际是在调用函数。 R包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合，包括R程序，运行该程序的其他语言（比如Java/C/Fortran），解释这个程序功能、方法的帮助文档，例子、测试数据等。 只有当一个包被载入时，它的内容才可以被访问。一些常用、基本的程序包已经被收入了标准安装文件中，R安装好之后就可以使用，包括base、methods、datasets、utils、grDevices、graphics、stats。随着新的统计分析方法的出现，即便标准安装文件中所
2021-02-05 15:12:43
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原创 生信软件安装之Java环境变量配置
生物信息分析软件很多是Java写的。软件在运行的时候就需要跨越不同底层操作系统（Windows/Mac OS/Linux）调用硬件，Java虚拟机（JVM）就是这样一个可以实现跨平台的接口。JVM是通过JDK软件虚拟的，JDK的安装包可以通过Oracle官网直接下载。 就Windows而言，软件的视窗操作背后是给操作系统的指令，当运行的时候，需要用到什么文件就会在当前目录中找，如果找不到就会去环境变量中找，再找不到的话就会提示没有这个指令。所以配置好环境变量，在安装不同软件时绝对是一劳永逸的。 Java环境
2021-01-28 15:49:26
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原创 Windows系统中R、RStudio安装问题解决之中文用户名
R语言是作为一种数学分析软件，集统计分析与图形展示于一体，免费开源。 R语言深受科研工作者喜欢，甚至有人用R写报告（R-markdown），写论文（Package bookdown），写网页（Package blogdown），写课件（Package xaringan），各种超乎想象的神操作。 开始R语言学习之前，需要安装R。为了有更好的使用体验，那就要配套一个RStudio了。准确说，RStudio是R的集成开发环境（IDE）。形象一点说，R是一个有趣的灵魂，RStudio是R的华丽外表。 官网下载适配系
2021-01-22 17:18:32
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原创 研究生师兄谈SCI论文写作心得
即将毕业的高产博士师兄 （博士在读期间累计发表SCI论文11篇，其中第一作者或通讯作者论文10篇） ，受学院委托介绍一下论文写作经验，希望能对大家更快、更轻松发表学术论文提供些许帮助。 一、文献阅读 在开展课题前，阅读文献是一个不可或缺的环节，只有充分了解你要做的课题，才能得心应手地设计课题，进而快速的围绕计划开展研究、准备数据，方便后期撰写论文。 实际上，很多小伙伴常常花费大量时间看各种文献，但还是往往不能很快理清思路，因此也耽搁了大量的时间。 那么，我们应该怎样去看文献呢？师兄认为阅读文献需要做到一个目
2021-01-19 11:04:22
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原创 ClinGen对使用ACMG指南中PVS1证据的建议
ClinGen对使用ACMG指南中PVS1证据的建议 2015年美国分子遗传协会（ACMG）协同美国分子病理学会（AMP）共同发布了临床数据解读与报告的标准指南，为序列变异解释提供了框架。 该指南对变异位点进行了5个等级的分类，分别为致病、疑似致病、临床意义未明、疑似良性、良性，并提供了28个标准，每个标准对应了一个代码（如 PVS1 , BA1)代表不同类型的证据，每个标准的代码由两部分组成，致病性和强度，致病性又分为良性（B)及致病（P)，证据强度由强到弱依次分为单独证据（A),非常强（VS),强（S
2021-01-15 11:07:49
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空空如也
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