linux序列比对程序,如何用COBALT构建本地的多序列比对（Linux系统）

这里再讲解如何构建本地的COBALT多序列比对 ，在Linux 系统的配置步骤如下：

1． 登陆Ftp：ftp://ftp.NCBI .nlm.nih.gov/pub/agarwala/cobalt/，下载cobalt里的所有文件ncftp /pub/agarwala/cobalt > lscdd.aux cdd.freq cdd.phr cdd.psd cdd.psq cobalt.linux READMEcdd.blocks cdd.loo dd.pin cdd.psi cdd.rps patterns README.cobalt

2． 设置全局变量：setenv COBALT ，这里不设置也是可以的。下面直接用全路径就是

3． 准备你所要比对的蛋白序列(Fasta 格式)

4． 运行的代码如下($COBALT也可以用全路径代替)：$COBALT/cobalt.linux -db $COBALT/cdd \ -b $COBALT/cdd.blocks -i \ -p $COBALT/patterns -f $COBALT/cdd.freq

5． 输出的结果是Fasta格式。

查看详细说明，用$COBALT/cobalt.linux –help

更详细的说明文档看cobalt文件夹里的README.cobalt。(责任编辑：admin)