clustalw序列比对_COBALT：NCBI在线蛋白多序列比对（比ClustalW还强大的工具）

COBALT的用法与结果分析

在线COBALT的网址可以在www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/

进入COBALT的界面如图1-A所示，跟Blast的界面是相似的，比较简单，也是用Fasta格式的序列，这里就不多讲了。在最下面”Advanced parameters”也可以设置比对的参数，一般来讲，默认的参数是保证结果质量和比对速度最优化的参数，乱改的话反而会使比对的性能下降。

图1-B所示是COBALT序列比对的结果，可以看出其中有条序列(XP_511495)跟其它序列的差别很大，使整个比对的结果多了好多Gap，并且打断了可能的蛋白结构域。由图1-C所知，XP_511495是一个预测的序列，这样的序列对序列比对是没有任何参考作用的，反而对比对的结果造成影响。

COBALT另一个好的功能就是可以把不好的序列去掉再重新比对，看图1C，把XP_511495前面的勾去掉，然后点击Re-align，这样多次的筛选与比对，才能达到精确的结果，看图1-D。

图 1. COBALT interface and multiple alignments.

从NCBI在线Blast结果运行COBALT

另外，也可以从在线Blast运行后的结果中再接着运行COBALT，这样子可以更容易地收集同源蛋白。例如以人的参考序列NP_000939为例做Blastp找bony fishes的同源蛋白，参数选择如下：Database = Reference proteins (refseq_protein); Organism = bony fishes;<