seqkit根据基因id_SeqKit－FASTA/Q序列处理神器

今天小编给大家介绍一款神器，处理FASTA和FASTQ的工具SeqKit，window\linux系统版本都有.对于没有编程基础的小伙伴们，我们照样可以轻松操作序列文件。

该软件功能强大，小编只罗列部分模块功能，更详细功能参见软件网站：

http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/。一、序列操作。

seqkit seq [flags] file

参数:

-p, --complement           取互补序列

--dna2rna                   DNA to RNA

-l, --lower-case                将序列以小写字母形式输出

-g, --remove-gaps           移除组装序列中的gap

-r, --reverse                  　 取反向序列

--rna2dna                  　　 RNA to DNA

-u, --upper-case                将序列以大写字母形式输出

-w, --line-width int               以每行指定长度输出序列 (0 for no wrap) (default 60)

举例：

seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出

seqkit seq -w 100  test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出

seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna

seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基