python层次聚类选择类别_层次聚类概览

层次聚类(Hierarchical Clustering)是聚类算法的一种，通过计算不同类别数据点间的相似度来创建一棵有层次的嵌套聚类树。 在聚类树中，不同类别的原始数据点是树的最低层，树的顶层是一个聚类的根节点。创建聚类树有自下而上合并和自上而下分裂两种方法。 层次聚类与热图同时出现， 如 不同的列代表不同的样本，不同的行代表不同的基因 。 层次聚类基于行或者列的相似性 ，使得研究者更容易判断数据间的相关性。 如在未聚类的热图中(左图 )，不能很好的了解样本与基因间的相似性； 但 在聚类后的热图中(右图)， 竖方框对应 的 样 本 的 基因有相同的表达模式，横方框对应 的基因在不 同样本间的表 达 模 式 相同。 此外，热图也常和树状图(dendrograms)同时出现(详见下文) 。

1. 层次聚类的实现(简单示例)

假设我们将含有4个基因表达数据的3个样本按行(genes)进行层次聚类。