相对丰度柱状图matlab,堆叠柱状图各成分连线画法:突出展示组间物种丰度变化...

堆叠柱状图连线画法

提出问题

18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化》。其中的图3基于堆叠柱状图,添加组间各成分连线,可以更容易的观察和比较组间的变化。如下图:

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我在很多文章中也见过,一直没有学会具体的做法。这回正好身边的人会做,就问了一个作者,结果回复是origin画的,有个选项就可以添加组间连线。

现在方法是有了,不过我还是喜欢用R来画图,因为每一个细节的修改都落实的代码上,可见可重复。

而窗口操作类的软件,操作过程是不容易被记录的,别人也很难重复。

我下午将此问题放在了宏基因组0讨论群中,问是否有R包或现成的函数一句话实现在堆叠图中添加组间连线。

获取专业解答

李陈浩老师首先説写两句R就搞定。可是以我的R水平,虽然学过R in action,还只是会按帮助使用包,修改代码的水平,很难写代码实现想法。

同时李海敏、沈伟等几位老师,也提供了众多解决方案,如ggalluvial,这个更炫酷,功能过于强大,我会在下一次分享中把中文笔记和使用心得带给大家。

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OTU(操作分类单元)是对微生物群落中的序列进行聚类和分类的一种方法,常用于分析环境样品中的微生物多样性。在物种组成堆中,OTU可以代表不同的微生物分类单元或者谱系单元。 创建OTU物种组成堆的步骤与前面提到的类似,但数据整理的过程可能会有所不同。以下是一般步骤: 1. 收集数据:进行微生物样品采集,并进行高通量测序得到原始序列数据。 2. OTU聚类:使用聚类算法(如聚类分析、聚类序列标识、UPGMA等)将原始序列数据聚类成OTU。每个OTU代表一组高度相似的序列,可以视为一个潜在的物种或谱系单元。 3. OTU相对度计算:根据每个OTU在样品中的序列数量,计算各个OTU的相对度。相对度可以表示为百分比或小数形式。 4. 数据整理:将OTU相对度数据整理为适合堆的格式。确保每个OTU的相对度数据都在同一个数据集中。 5. 创建柱:使用数据可视化工具(如Matplotlib、ggplot2等)创建一个堆。每个OTU的相对度作为柱子的高度,并为每个OTU堆一层。 6. 添加标签和例:为柱添加适当的轴标签、标题和例。轴标签应说明相对度的单位,标题应描述表的目的和样品来源,例应解释每个堆部分所代表的OTU。 在OTU物种组成堆中,每个堆部分代表一个OTU,而非真实物种。这是因为OTU可能与已知物种不完全对应,或者代表未知的微生物谱系单元。 希望这些步骤能够帮助您创建OTU物种组成堆!如果您有任何进一步的问题,请随时向我提问。

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