相对丰度柱状图matlab,群落堆叠柱状图+冲击图绘制

群落堆叠柱状图示例文件

1.某一分类级别丰度文件：

图片.png

2.分组文件：

图片.png

OK，接下来开始绘制：

1.准备一下颜色信息 因为属或种水平物种比较多，可以多准备一些

#准备一下颜色信息 因为属或种水平物种比较多，可以多准备一些

library(RColorBrewer)

rm(list = ls())

m1 = brewer.pal(9,"Set1")

m2 = brewer.pal(12,"Set3")

Palette1

Palette2

mix

准备作图文件

phylum

#过滤平均丰度大于0.001的物种

phylum_filter 0.001,]

phylum_filter$sum

#求各类群的丰度总和，并排序

phylum_filter

#删除最后一列和,并取Top10物种作图

phylum_top10

# 剩余的物种合并为Others

phylum_top10['Others',]

#最后一个设置为灰色

colour

#个人喜欢将最后一个设置为灰色，也就是Others

colour[length(colour)]

#设置因子，改为长格式

phylum_top10$Taxonomy

phylum_top10

#添加分组 合并信息

group

names(group)[1]

phylum_top10

普通柱状图绘制

#普通柱状图

p1

#facet_wrap(~group,scales = 'free_x',ncol = 2)+

geom_col(position = 'stack', width = 0.6) +

scale_fill_manual(values = rev(c(colour))) +

theme_classic()+scale_y_continuous(expand = c(0,0))+

labs(x = '', y = 'Relative Abundance(%)')+

theme(panel.grid = element_blank(), panel.background = element_rect(color = 'black', fill = 'transparent'), strip.tex