群落堆叠柱状图示例文件
1.某一分类级别丰度文件:
图片.png
2.分组文件:
图片.png
OK,接下来开始绘制:
1.准备一下颜色信息 因为属或种水平物种比较多,可以多准备一些
#准备一下颜色信息 因为属或种水平物种比较多,可以多准备一些
library(RColorBrewer)
rm(list = ls())
m1 = brewer.pal(9,"Set1")
m2 = brewer.pal(12,"Set3")
Palette1
Palette2
mix
准备作图文件
phylum
#过滤平均丰度大于0.001的物种
phylum_filter 0.001,]
phylum_filter$sum
#求各类群的丰度总和,并排序
phylum_filter
#删除最后一列和,并取Top10物种作图
phylum_top10
# 剩余的物种合并为Others
phylum_top10['Others',]
#最后一个设置为灰色
colour
#个人喜欢将最后一个设置为灰色,也就是Others
colour[length(colour)]
#设置因子,改为长格式
phylum_top10$Taxonomy
phylum_top10
#添加分组 合并信息
group
names(group)[1]
phylum_top10
普通柱状图绘制
#普通柱状图
p1
#facet_wrap(~group,scales = 'free_x',ncol = 2)+
geom_col(position = 'stack', width = 0.6) +
scale_fill_manual(values = rev(c(colour))) +
theme_classic()+scale_y_continuous(expand = c(0,0))+
labs(x = '', y = 'Relative Abundance(%)')+
theme(panel.grid = element_blank(), panel.background = element_rect(color = 'black', fill = 'transparent'), strip.tex