四个数据欧几里得距离_常见的相似性/距离指数

最新推荐文章于 2022-02-07 21:07:55 发布
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转自CSDN用户刘永鑫Adam的文章221.Beta多样性PCoA和NMDS排序

Jaccard:

Jaccard相似性指数（Jaccard similarity index）将两个样方共享的物种数量（a）除以两个样方中出现的所有物种的总和（a + b + c，其中b和c是仅在第一个和第二个样方中出现的物种数量）。计算公式如下：

d29d178b8390436e1d74cee073fc6ba4.png

其中，y1j和y2j分别是对象1和2中元素j的数值。若是群落物种数据，那么y1j和y2j即分别是样方1和2中物种j的丰度。p是物种数（样方-物种矩阵中的物种数）

Bray-curtis距离(Bray-curtis distance):

Bray-curtis距离（Bray-curtis dissimilarity）其计算公式如下：

8af2723ab6d3feed04b12d33278cd0e1.png

欧几里得距离(Euclidean distance):

欧几里得距离是多变量分析中经常使用的一种距离，如在线性排序方法PCoA、CCA。计算

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