计算机辅助药物合成功能,计算机辅助药物设计在药物合成中的应用_郑彦.pdf

计算机辅助药物设计在药物合成中的应用_郑彦.pdf

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性的研究 中国中药杂志,1998, 23( 6) : 363~ 364 [ 17] 李彩东, 吴斌, 师彦平, 等 复方苦味 叶下珠胶 囊抗肝炎 病毒作用研究 药物研究, 2007, 6( 19) : 3~ 4 [ 18] 蔡晓明, 叶下珠片联合拉米夫定治疗慢性乙型肝炎 32 例 中西医结合肝病杂志, 2006, 16( 6) : 368 [ 19] 曾振东, 俸曙光, 韦金育 叶下珠胶囊治疗慢性乙型肝炎临床观察 时珍国医国药, 2001, 12( 7) : 625~ 626 [ 20] 王国荣, 林锐金 叶下珠复方胶 囊抗乙肝 特异性转 移因子治 疗慢性乙型肝炎 40 例观察 实用中医药杂志, 2003, 19( 3) : 101~102 [ 21] 程淑玲, 尹杉杉, 刘昌玉叶, 等 叶下珠复 方乙肝片 联合干扰 素治疗小儿慢性乙型肝炎 30 例 中西医结合肝病 杂志, 2005, 15( 1) : 59 计算机辅助药物设计在药物合成中的应用郑彦, 吕莉( 山东省立医院, 山东 济南 250021)摘要: 计算机辅助药物设计方法( CADD) 是药物分子设计的基础。从 20 世纪 60 年代构效关系方法( QSAR) 提出以后, 经过 40 多年的努力和探索, CADD 方法已经发展成为一门完善和新兴的研究领域。计算机辅助药物设计是应用量子力学、分子动力学、构效关系等基础理论数据研究药物对酶、受体等作用的药效模型, 从而达到药物设计之目的。计算机辅助药物设计方法( CADD) 大体可以分为三类: 基于小分子的药物分子设计方法; 基于受体结构的药物分子设计方法; 计算组合方法。计算机辅助药物设计是研究与开发新药的一种崭新技术, 它大大加快了新药设计的速度, 节省了创制新药工作的人力和物力, 使药物学家能够以理论作指导, 有目的地开发新药。关键词: 药物分子设计 分子模拟 活性位点分析法中图分类号: R914 2 文献标识码: A 文章编号: 1672- 7738( 2008)10- 0614- 03The application of the Computer Aided Drug Design in drugs synthesisZHENG Yan, LV Li( Shandong Provincial H ospital, Ji nan 250021 )ABSTRACT: T he method of Com puter Aided Drug Design ( CADD) was the basis of drugs molecule design w hich was pro posed in 1960 During the last 40 years, the CADD method has been widely applied as a burgeoning and potent ial research are a The aim of CADD is to design drug according to the pharm ic model between the drugs and the enzyme or receptor w hich isapplied the quantum mechanics, molecular dynamics, and quantitative st ruct ure- act ivity relationship T he CADD includes threemet hods: method basing on the ligand, method basing on the receptor, and combinatorial chemistry method The CADD is a newtechnology to research drug which can accelerate the speed of drug design, economize the manpower and material resources KEY WORDS: Drug molecular design; molecular simulation; active site analysis 传统药物设计从总体上来讲, 缺乏成熟完善的发现途径, 具有很大的盲目性, 一般平均要筛选 10000 种以上的化合物才能得到一种新药, 因此开发效率很低, 很难迅速得到合适的新药来治疗越来越多的疑难杂症。随着计算机技术及计算化学、分子生物学和药物化学的发展, 药物设计进入了理性阶段, 其中药物分子设计是目前新药发现的主要方向。它是依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果, 针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点, 并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征, 设计出合理的药物分子。计算机辅助药物设计方法( CADD) 是药物分子设计的基础。从 20 世纪 60 年代构效关系方法( QSAR) 提出以后, 经过 40 多年的努力和探索, 尤其是 20 世纪 90 年代以后, 随着多种新的方法的出现, CADD 方法已经发展成为一门完善和新兴的研究领域, 它大大提高了药物开发的效率,为人们攻克一些顽症提供了崭新的思路和成功的希望[1~ 2] 。1 计算机辅助药物设计的一般原理计算机辅助药物设计的一般原理是, 首先通过 X- 单晶衍射技等技术获得受体大分子结合部位的结构, 并且采用分子模拟软件分析结合部位的结构性质, 如静电场、疏水场、氢键作用位点分布等信息。然后再运用数据库搜寻或者全新药物分子设计技术, 识别得到分子形状和理化性质与受体作用位点相匹配的分子, 合成并测试这些分子的生物活性, 经过几轮循环, 即可以发现新的先导化合物。因此, 计算机辅助药物设计大致包括活性位点分析、数据库搜寻、全新药物 614 齐鲁药事 Qilu Phar maceutical Aff airs 2008 Vol 27 , No 10 关 键 词： 药物 设计 合成 辅助 计算机 应用

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