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RSS订阅转载 Gromacs基于OPLS-AA力场的聚合物建模及模拟
本文内容包括：OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场；聚合物建模方法；Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法；聚合物PDB文件生成；开始模拟。第一步：尽管Gromacs与Amber都包含适合蛋白质与核酸体系模拟的力场，但到目前为止罕有专为人工聚合物体系开发的力场。不同于蛋白质/核算具有有限种类的残基，聚合物原则上可以有无限种不同的单体，去为每一种单体都设定优化参数是不可能的。因此在实际作业中，往往使用普通的全原子力场对高分子体系进行模拟，包括COMPASS（
2020-07-23 18:37:02
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转载 计算机辅助药物设计在新药研发中的应用
随着分子生物学、X射线晶体学的发展，大量与疾病相关的生物大分子的三维结构被确定；计算机科学的迅速崛起使得数据挖掘、机器学习等技术快速发展。在这两方面的推动下，计算机辅助药物设计（CADD）应运而生，并渗透到新药研发的各个环节。CADD可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。1、在药物靶点的发现与确证中的应用靶点的发现与确证是现代新药研发的第一步，也是新药创制过程中的瓶颈之一。CADD的应用可以加快靶点发现的速度，提高靶点发现的准确度，从而推进新药研发。
2020-07-10 17:12:56
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转载 计算机辅助药物设计：分子对接
分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接的最初思想起源于FisherE.的”钥匙和锁模型”，是模拟配体小分子与受体生物大分子相互作用的一种技术方法。随着X-射线晶体学和高通量测序等技术的不断发展，越来越多的蛋白晶体结构得到确证，其相应的基因信息也随之公布。蛋白质等生物大分子结构和功能信息的“井喷”，产生了愈来愈多的药物靶标，加之计算科学的蓬勃发展亦极大地促进了分子对接和虚
2020-07-10 17:11:20
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转载 comsol建模
用户可以调整求解设置、使用对称或其他模型属性来获得模拟解，如果不行的话，可以中断求解来恢复部分解。提纲： 使用对称性 有效的内存管理 选择单元类型 分析模型收敛性和准确性 求解非线性方程时实现收敛 避免过快的瞬变 物理相关检查和指南 非物理值正文： 使用对称性建模时使用对称性可以减少一半或以上的计算量，对于求解大的问题这是一种有效的手段。它适用于包含对称几何结构或模型假定的情况下。对称有轴对称和对称和反对
2020-05-15 14:18:49
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转载 lammps建模
大家都清楚，在用lammps进行模拟计算前，建模这个步骤是必不少的。总的来讲，我们可以通过两种方法来完成建模操作。一是通过lammps的命令建模；二是通过外部的程序建模，然后用lammps的read_data 命令将模型读入。lammps命令建模的主要步骤可以描述为：用units 命令定义单位lattice 命令定义单胞region以及create_box命令定义区域和创建盒子create_atoms 命令创建原子今天我主要详细讲解lattice命令的语法：lattice style sca
2020-05-12 09:08:40
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转载 第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程
与经典分子动力学不同，第一性原理分子动力学不需要提供力场参数，只需要提供原子初始结构，就能根据电子波函数正交化产生的虚拟力，求解牛顿运动方程。在运行优化任务时，VASP生成的XDATCAR记录的是优化步骤的离子构型；在运行AIMD任务时，记录的就是运动轨迹。而现阶段读取XDATCAR轨迹分析性质的后处理软件并不多，能读取的兼容性也并不好。VASPKIT0.72版本之后支持了将XDATCAR转换成通用的多帧PDB文件的功能（504）以便可视化并进行后处理分析。但是并没有提供后处理分析接口，因此我们开发了一个P
2020-05-09 15:39:01
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转载 【材料计算】第一性原理、密度泛函理论、从头算之间的关系
首先，第一原理是firstprinciple，不是从头算（ab initio），不是DFT。分子模拟有两个层面的东西要讨论，就是当使用了BO近似后，怎么分别处理电子和离子实。处理电子：当用量子力学处理电子的时候就是第一原理方法，密度泛函是一种、半经验也是、HF也是，等等。当我们不想管电子的细节的时候，就直接用势函数描述电子的效果，就是分子力学的方法。而第一原理中的HF系列是不用任何实验拟和结...
2020-05-08 16:21:11
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转载 计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法
【引言】计算材料学：“定做”材料的高级理论阶段计算材料学(Computational Materials Science)是近年来飞速发展的一门新兴交叉学科。它综合了凝聚物理、材料物理学、理论化学、材料力学和工程力学、计算机算法等多个相关学科。学科旨在利用现代高速计算机，模拟材料的各种物理化学性质，深入理解材料从微观到宏观多个尺度的各类现象与特征，并对于材料的结构和物性进行理论预言，从而达到设计...
2020-05-07 09:19:04
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转载 第一性原理计算筛选本征二维磁性材料
在二维层状材料中实现磁性是研究人员的重要目标，因为二维磁性材料既是构造自旋电子学器件的基础，又是研究新奇物理现象的平台。通常，人们通过掺杂磁性原子或利用界面近邻效应在非磁性材料中引入磁性，但是这些非本征的磁性易受到载流子浓度、杂质类型、界面原子结构等因素的影响。因此，人们希望实现具有本征磁性的二维层状材料。先前人们根据Mermin–Wagner定理，各向同性的单原子层二维材料由于长程热涨落并不能表...
2020-05-06 09:39:17
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转载 分子动力学模拟手把手教你
如果你是AMBER的新用户或对一般的分子动力学模拟毫无了解可通过此教程入门.教程简介这个教程旨在介绍如何使用Amber进行分子动力学模拟，并假设您以前没有使用过Amber. 它专门为想要了解如何运行分子动力学模拟的新用户而设计.Amber简介1Amber 简介AMBER 代表辅助的模型构建和能量精化(Assisted Model Building and Energy Refine...
2020-04-30 10:19:16
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空空如也
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