ggplot2箱式图两两比较_第五十七讲：R作图ggplot2绘制小提琴图

小提琴图类似于箱式图，不同之处在于它们还显示了数据的概率密度。通常，小提琴图也包括数据中位数和四分位数范围等箱式图的内容 。函数geom_violin()用于生成小提琴图。

1. 准备数据

使用R自带的ToothGrowth数据集：

# 将剂量(dose)从数值变量变成因子变量data(ToothGrowth)ToothGrowth$doseas.factor(ToothGrowth$dose)head(ToothGrowth)

输出结果：

    len supp dose1  4.2   VC 0.52 11.5   VC 0.53  7.3   VC 0.5   4  5.8   VC 0.55  6.4   VC 0.56 10.0   VC 0.5

请确保使用上述R脚本将变量剂量转换为因子变量。

2. 简单的小提琴图

library(ggplot2)p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len))+geom_violin()p# 图形翻转p+coord_flip()# 将修剪trim参数设置为FALSEggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len))+geom_violin(trim=FALSE)

请注意，默认情况下trim = TRUE。在这种情况下，小提琴的尾巴会被修剪。如果为FALSE，将不会修剪尾巴。

选择要显示的项目：

p+scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2"))

3. 在小提琴图上添加统计信息

stat_summary()函数可用于在小提琴图上添加均值/中点和更多内容。

3.1 添加平均值和中位数

# 添加均值p+stat_summary(fun=mean, geom="point", shape=23, size=2)# 添加中位数p+stat_summary(fun=median, geom="point", size=2, color="red")