菌群分析Linux,如何使用TCGA数据分析肠道菌群

我们知道TCGA数据库包括很多患者的二代测序的数据。关于二代测序。之前我们就介绍过,其实二代测序的数据是是一部分所有细胞的核苷酸序列。对于这一部分的序列,只是看我们拿什么背景物种的参考基因组,就可以比对什么就得到什么数据。因此,如果使用微生物菌群基因组,那就有可能获得菌群的相关数据。因此也就有了这篇文章。所以我们就先简单的介绍一下这个文章

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这篇文章主要就是通过TCGA当中消化道肿瘤方面中的全基因组测序(whole genome sequence, WGS)以及全外显子测序(whole exon sequence, WXS)的数据利用Pathseq的算法来评估微生物菌群。不过这种基于人类测序数据的总是有一个偏差,因此文章前面绝大部分是去除这些偏移。经过详细的操作之后,就获得了TCGA肠道菌群的数据了(The Cancer Microbiome Atlas, TCMA)。

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聚类分析

在经过一系列的算法的操作之后,作者获得了肠道各个样本的微生物菌群。因此也就对这些数据进行了简单的分析。首先作者使用SparCC算法来对肠道肿瘤CRC(COAD/READ)进行了聚类分析。最后发现CRC总共可以分成梭菌和拟杆菌两个聚类种群。

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进一步基于两个聚类的分型,来分析不同的菌群对于其他组学RNA-seq、miRNA-seq、甲基化、RPPA的影响。寻找这些菌群可能的作用机制。

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差异菌群分析以及预后相关分析

由于CRC当中包含了癌症和正常的组织。所以作者也通过了差异分析,来观察哪些菌群是和癌症的发生有关的。同时由于也包含了预后信息,所以也就进行了预后分析看哪些菌群和预后有关。

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进一步的作者对差异的菌群进行了富集分析。来进一步了解这些菌群和哪些通路有关。经过分析发现CRC当中的微生物主要是和宿主免疫反应、炎症性癌症通路和细胞-细胞粘附等通路有关。

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TCMA数据库

以上就是这个文章的主要内容了,当然如果是这些的话,只能说明这个文章做了啥。对于我们想要进一步挖掘的话,可能没有什么用处。但是这个文章在做完这些分析之后,还建立了一个简单的TCMA数据库(https://tcma.pratt.duke.edu/)。里面储存了作者所有消化道肿瘤组织经过过滤分析后的结果。

这个数据库主要还是一个下载数据的地方。并没有太多的其他分析。

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经过这个数据库下载的肠道微生物的数据,再加上去其他地方下载其他组学的数据,那通过多组学的交叉分析。还是在挖掘出一些东西的。所以如果是研究消化道肿瘤的。可以用来分析一下哈。

由于这个网站经常定的崩溃,笔者下载来TCMA的所有的数据。如果有需要的话,可以后台回复:TCMA即可。

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TCGA(The Cancer Genome Atlas)是一个由美国国立卫生研究院(NIH)和美国癌症研究所(NCI)共同发起的项目,旨在通过对不同类型癌症患者样本的基因组学信息进行系统性分析,以更好地了解肿瘤的发生机制和治疗靶点。 肺癌是一种常见的恶性肿瘤,对于TCGA肺癌数据分析,我们可以从多个角度进行研究: 1. 基因突变分析:通过测序分析肺癌患者的基因组学数据,可以发现一些与肺癌发生相关的基因突变。比如,EGFR、KRAS等基因的突变与肺癌的发生具有高度相关性。 2. 基因表达谱分析:通过测量肺癌患者样本中基因的表达水平,可以寻找与肿瘤发展、恶性程度以及预后相关的关键基因。例如,可以发现一些与肺癌预后相关的生物标志物。 3. 蛋白质表达谱分析:除了基因表达谱外,蛋白质在肿瘤的发生和发展过程中也扮演着重要的角色。通过蛋白质组学分析,可以鉴定与肺癌发生相关的重要蛋白。 4. 数据整合与挖掘:TCGA提供了大量的肺癌患者数据,我们可以利用这些数据进行数据整合和挖掘,如制作肺癌病人的线上数据库,帮助医生和研究者更好地了解肺癌的特点和病情。 通过对TCGA肺癌数据的深入分析,我们可以更好地认识肺癌的分子机制,为肺癌的早期诊断、治疗和预后评估提供科学依据。同时,对于患者的个体化治疗也有着重要的指导意义。但需要注意的是,在分析数据时要注意数据的质量和合理性,同时结合临床病理学的信息进行综合分析,以更好地解读数据和验证结果。
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