python学习——把计算GC含量的代码封装成函数

把代码封装成函数的好处是可以重复使用该段代码，并且会使代码结构清晰

例如要计算chr1以及chr2染色体的GC含量，代码如下：

 1 # 将代码封装为函数并重复使用，例如计算染色体的GC含量
 2 chr1 = 'ATCGCGATCCGAATGCAGGAatcagagataccgaNNNNNNttAATGAC'
 3 chr2 = 'agataCGATGNNGATcCCGGGTTATAGCTAGCNNNGGG'
 4 def get_gc_content(chr):
 5     chr = chr.upper() #也可是使用.lower()把大写转换成小写计算
 6     count_a = chr.count('A')
 7     count_t = chr.count('T')
 8     count_c = chr.count('C')
 9     count_g = chr.count('G')
10     gc_content = (count_g + count_c) / (count_a + count_c + count_g + count_t)
11     return gc_content
12 
13 chr1_gc_content = get_gc_content(chr1) # 计算chr1的GC含量
14 chr2_gc_content = get_gc_content(chr2) # 计算chr2的GC含量
15 
16 print('chr1 gc content : {:.2%}'.format(chr1_gc_content))
17 print('chr2 gc content : {:.2%}'.format(chr2_gc_content))

 

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