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原创 如何自学生物信息学：从菜鸟到专家
看透了如此多的秘密，我们已停止相信尚有不可知之物。然而，那不可知之物却仍然坐在那里，冷静地舔着自己的嘴唇。 ——H.L. Mencken尽管人类已把航天器...
2020-11-23 19:46:04
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原创 生信人的自我修养：Linux 命令速查手册
标题：生信人的自我修养：Linux 命令速查手册目标：致力于为生信人打造一个完整的 Linux 命令速查手册作者：简佐义（jianzuoyi@qq.com）版本：1.0 日期：2020-...
2020-11-20 11:48:10
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原创 千例肿瘤样本，30 癌种 + 490 万细胞！这篇 NC 泛癌单细胞思路直接抄
本研究整合490万个单细胞转录组数据，覆盖30种癌症、1070例肿瘤组织与493例正常组织，联合空间转录组、TCGA数据库及免疫治疗队列，完成细胞状态注释、特征基因筛选、细胞互作与空间定位分析，明确影响免疫治疗应答的关键细胞群落与分子特征。1. 收集104个未分选的10x scRNA-seq数据集，包含肿瘤、癌旁正常、健康正常三类组织，共999名受试者、490万个细胞。同样是免疫检查点抑制剂治疗，不同患者、不同癌种的疗效差异巨大，背后是肿瘤与正常组织的微生态差异尚未被系统阐明。
2026-03-25 20:44:33
原创 一篇 Nature Medicine 带你走通：泛癌单细胞空转 T 细胞生信分析完整思路（每个图都有代码）
研究先对CD4+、CD8+、非常规T细胞、增殖T细胞进行分群与状态定义，再用拟时序分析构建分化轨迹。最后纳入6个接受免疫治疗的队列单细胞数据，分析T细胞状态和治疗响应的关系，并构建自动注释工具TCellMap。2023年5月29日，《Nature Medicine》刊发了MD安德森癌症中心领衔的研究，通过大规模泛癌T细胞单细胞分析，找到了和免疫治疗耐药直接相关的T细胞应激状态。提供的TCellMap工具和在线平台，可让同行直接复用、标准化注释T细胞状态，为后续耐药机制研究和新靶点开发提供基础支撑。
2026-03-24 22:09:45
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原创 生信 3.0 时代：单细胞分析跨入“云平台+AI+Python”新纪元
擅长 C++ 和 Python 编程，特别是管理的生信云平台底层本身是 Python 语言的，因此对于 Python 编程尤其熟悉（舒适区）。中国银河生信云平台（UseGalaxy.cn）致力于生信平权：为全球用户提供零代码、一站式生信分析服务。我们用 79 万除以 5000，大约 = 158，用 240 万除以 5000，大约 = 480。数据导入、QC 质控、双细胞检测、批次校正、AI 自动注释、轨迹分析，一站式点击完成。也就是说，平均每个人执行了 158 次任务，生成了 480 个文件，
2026-03-23 20:53:21
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原创 单细胞+空转，448 万细胞 + 36 种癌种：这篇 Nature Cancer 生信思路太好抄
结合空间转录组技术，从时空维度解析肿瘤微环境细胞构成与动态变化，找到跨癌种保守存在的促纤维化细胞生态型，证实这类细胞与免疫排斥、患者预后差密切相关，同时为单细胞数据的细胞类型注释提供泛癌级参考。分析流程上，先将相似细胞归为MetaCell以降低噪声与计算量，再用CCA方法校正批次效应，按免疫、基质等谱系分别聚类注释。后续开展细胞功能、空间定位、细胞间通讯、生存关联分析，并通过多重免疫组化验证关键细胞的空间分布。图2：明确泛癌免疫细胞异质性特征，鉴定出SLPI+促纤维化巨噬细胞，其高表达提示更差预后。
2026-03-22 20:00:36
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原创 1 篇 Nature = 完整生信流程，单细胞空间文章就这么做 超全的分群marker和代码
这项名为人类乳腺细胞图谱（HBCA）的研究，旨在通过单细胞及空间基因组技术，全面解析成人乳腺组织的细胞异质性和空间架构。研究团队整合了来自大量受试者的单细胞转录组数据，并利用多种空间组学手段验证了细胞类型在乳腺微环境中的组织规律。，《Nature》杂志发表了由多国团队联合完成的成人乳腺单细胞空间基因组研究，首次绘制了全面的人类乳腺细胞图谱（HBCA）。乳腺组织的细胞组成究竟有多复杂？长期以来，我们对乳腺的认识大多停留在组织切片上的形态观察，但其内部细微的细胞状态分布和空间排列规律一直缺乏系统性的分子图谱。
2026-03-21 20:00:56
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原创 一篇NC单细胞文章讲透瘢痕疙瘩、硬皮病机制：皮肤纤维化生信思路拆解
本研究以瘢痕疙瘩为纤维化皮肤病模型，利用单细胞RNA测序解析真皮细胞异质性，明确成纤维细胞亚群分类，证实间充质成纤维细胞在皮肤纤维化中驱动胶原过度表达，且该机制在硬皮病中同样存在，为皮肤纤维化治疗提供潜在靶点。本研究在单细胞水平绘制瘢痕疙瘩细胞图谱，明确皮肤纤维化的核心效应细胞为间充质成纤维细胞，揭示其通过POSTN驱动胶原过度沉积的机制，证实该机制为皮肤纤维化共性通路，为靶向治疗提供理论依据。上发表了皮肤纤维化的单细胞研究，揭示了纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性，并发现间充质成纤维细胞比例显著升高。
2026-03-20 22:23:36
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原创 跟着Cancer Cell学生信：结直肠癌免疫治疗的单细胞联合分析（scRNA+scTCR-seq）思路
研究绘制了结直肠癌患者PD-1阻断治疗下局部肿瘤微环境和全身免疫系统的时空动态图谱，鉴定出与治疗响应相关的协同细胞程序，发现肿瘤反应性样CD8+ T细胞（Ttr-like）的基线浸润水平、血液相关亚型丰度，以及循环CD8+ T细胞中MHC II相关特征与治疗效果密切相关，为结直肠癌免疫治疗的响应预测和方案优化提供了细胞和分子层面的依据。• 基于TCR克隆型追踪scRNA-seq鉴定的Ttr-like细胞，在单细胞水平关联细胞的转录组表型和TCR克隆特征，分析Ttr-like细胞的克隆演化和表型转换。
2026-03-19 20:56:22
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原创 单细胞 + 空间/bulk/CITE-seq联合分析实战：Nature Genetics 这篇乳腺癌图谱研究教你发高分生信
开发单细胞水平的内在亚型分类方法SCSubtype，识别肿瘤细胞异质性的驱动基因模块；2021年9月，《Nature Genetics》发表了由Alexander Swarbrick团队完成的研究，该研究通过单细胞和空间解析转录组学构建了人类乳腺癌的细胞图谱，揭示了乳腺癌的细胞异质性和空间组织特征，并定义了与临床结局相关的肿瘤生态型。1. 构建了全面的人类乳腺癌单细胞和空间解析转录组图谱，系统鉴定了乳腺癌中肿瘤细胞、免疫细胞、基质细胞的亚群特征和功能，为乳腺癌细胞分类提供了新的参考；
2026-03-18 20:01:28
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原创 单细胞+空间，scRNA与bulk转录组+WES基因组+蛋白质组，甲状腺癌生信研究典范：从多组学到机制验证的全流程
本研究以同时包含ATC、低分化甲状腺癌（PDTC）和DTC区域的7例甲状腺癌样本为研究对象，通过空间转录组测序（spRNAseq）结合全外显子测序、单细胞RNA测序等多组学技术，解析甲状腺癌从DTC向ATC去分化的转录组动态变化和免疫微环境重塑特征，鉴定出去分化过程中的关键调控基因和通路，阐明PDCD4缺失通过eIF4A依赖的翻译激活机制促进TYMP+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）浸润，进而构建免疫抑制微环境的分子机制，为ATC的治疗提供新的靶点和策略。肿瘤的基因和免疫微环境在这一过程中发生了怎样的改变？
2026-03-17 20:01:54
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原创 Gastroenterology|拆解铁死亡+CAR-T关联的转移性胃癌单细胞多组学研究生信分析（绘图代码超全）
通过体内外功能实验验证铁死亡相关分子GPX4在胃癌进展中的作用，并探索铁死亡增敏治疗联合CAR-T疗法对转移性胃癌的治疗效果，为晚期胃癌的治疗提供新的靶点和联合治疗策略。2024年7月，《Gastroenterology》杂志发表了由程向东、Enyu Dai、Jibo Wu等学者领衔的研究团队的成果，该研究构建了转移性胃癌的单细胞图谱，揭示铁死亡与胃癌疾病进展、免疫治疗响应的关联，并提出铁死亡抑制联合CAR-T治疗的新策略。结合拷贝数变异数据与基因表达数据，解析胃癌细胞的遗传变异与转录特征的关系。
2026-03-16 20:00:52
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原创 Cancer Cell|三阴乳腺癌免疫联合放疗的应答轨迹，scRNA+TCR/BCR-seq单细胞+空间蛋白组学给出新答案
本研究针对三阴性乳腺癌，采用单细胞转录组学和空间蛋白质组学技术，对患者在基线、帕博利珠单抗单药治疗后、帕博利珠单抗联合放疗后三个时间点的肿瘤活检样本进行分析，鉴定出12种空间细胞区室，发现患者存在早期应答、晚期应答和无应答三种治疗应答轨迹，其中应答者分为基线即存在免疫应答和仅在联合治疗后产生免疫应答两类，无应答者始终缺乏免疫浸润，同时在小鼠模型中验证了放疗联合抗PD-1治疗的协同作用及免疫微环境重塑机制。乳腺癌是女性高发的恶性肿瘤，其中三阴性乳腺癌因缺乏有效靶点、预后较差，一直是临床治疗的难点。
2026-03-15 20:02:57
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原创 bulk+单细胞多组学+ CODEX空间分析｜一篇NC搞定淋巴瘤生信研究
本研究首次构建了淋巴结B细胞淋巴瘤的T细胞多模态空间参考图谱，系统揭示了不同淋巴瘤亚型的T细胞浸润特征和克隆扩增规律，明确了终末耗竭T细胞与患者不良预后的关联，发现IKZF3+调节性T细胞与滤泡辅助T细胞的克隆关联性及在滤泡性淋巴瘤分级中的作用，同时解析了淋巴瘤微环境的空间结构异常。我们还为进阶用户提供高质量。图3：B细胞淋巴瘤中幼稚T细胞、静息型辅助T细胞亚群缺失，耗竭型细胞毒性T细胞、增殖型T细胞、活化型调节T细胞富集，不同亚型存在特征性T细胞浸润模式，且初诊状态、年龄会影响部分T细胞亚群比例。
2026-03-14 20:04:36
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原创 从 Nature Medicine 学 PCOS 单细胞 + 空间转录组+GWAS分析，这篇生信文章太经典了！R代码还超全，图片配色也值得借鉴
本研究以年龄、体重和BMI匹配的健康对照者为参照，选取超重/肥胖、高雄激素、胰岛素抵抗的PCOS患者为研究对象，对27份子宫内膜活检样本的247791个分离核进行单细胞核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学分析，鉴定PCOS子宫内膜的细胞类型特异性疾病特征、细胞组成和定位变化；本研究首次绘制了超重/肥胖、胰岛素抵抗的PCOS患者增殖期子宫内膜的单细胞和空间转录组图谱，明确了PCOS子宫内膜的细胞组成异常及细胞类型特异性的分子特征，揭示了高雄激素和胰岛素抵抗与子宫内膜细胞分子异常的关联；
2026-03-12 20:00:00
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原创 单细胞 RNA 测序泛癌分析全流程解析：这篇 Nat Commun 教你做生信
研究明确了肿瘤浸润髓系细胞的亚型分类及功能特征，探究其在免疫治疗前后的丰度变化、动力学特征，鉴定出与免疫治疗响应相关的细胞-细胞互作靶点、调控谱及与患者生存相关的髓系细胞亚型，同时构建了能准确区分免疫治疗响应状态的响应指数，并通过免疫荧光实验验证了关键发现，为癌症免疫治疗的个性化策略开发提供了髓系细胞层面的理论依据。图2：解析肿瘤浸润髓系细胞的拟时间轨迹变化，显示治疗组与响应组中不同细胞亚型的拟时间差异，及各细胞谱系拟时间分支的富集通路，揭示髓系细胞动力学特征与治疗、响应状态的关联。
2026-03-11 20:01:48
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原创 从这篇 NC 子刊，学透肺癌单细胞生信分析思路（代码全）
验证了成纤维细胞亚群在肺腺癌中具有预后价值，且肌成纤维细胞、肺泡成纤维细胞分别与肺腺癌不良、良好预后相关，该关联在肺鳞癌中无显著意义；：成纤维细胞亚群丰度与肺腺癌的分化程度、TP53突变状态、分子亚型相关，且与免疫细胞亚群丰度存在相关性，肺泡成纤维细胞与静息免疫细胞相关，肌成纤维细胞与活化免疫细胞、髓系细胞相关。：多重免疫组化验证了三种成纤维细胞亚群在正常肺组织中占据不同空间生态位，癌组织中血管外膜、肺泡成纤维细胞丰度降低，肌成纤维细胞丰度升高，且肺鳞癌肌成纤维细胞丰度高于肺腺癌；
2026-03-10 20:00:21
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原创 Nature|多组学（单细胞+空转+全外）联合分析构建肺腺癌上皮细胞图谱
该研究对16例早期肺腺癌患者和47例匹配正常肺组织的246,102个上皮细胞进行深度分析，结合烟草致癌物暴露的小鼠模型，鉴定出肺泡中间细胞亚群KACs（KRT8+肺泡中间细胞），其具有低分化、高可塑性特征，携带KRAS驱动突变，是AT2细胞向肿瘤细胞转化的关键中间体，且对KRAS靶向抑制敏感，为肺腺癌的早期干预提供了新靶点。整合scRNA-seq的细胞类型注释与ST的空间位置信息，关联WES的基因突变数据与单细胞转录特征，通过蛋白质组学（IF、DSP）验证关键标志物的表达和定位。
2026-03-09 20:01:09
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原创 生信复现宝藏：从单细胞图谱到空间共定位，手把手教你分析NC级别的课题（附全套代码）
本研究首次系统解析了结直肠癌中FAP+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞的肿瘤特异性特征、分化调控机制及二者的相互作用模式，明确了该相互作用在构建免疫排斥性肿瘤微环境、促进促纤维增生结构形成中的关键作用，揭示了FAP/SPP1高表达与结直肠癌患者免疫治疗耐药的相关性。：FAP+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞均高浸润的结直肠癌为免疫排斥型微环境，虽具有高肿瘤新抗原特征但淋巴细胞浸润不足，且高表达FAP/SPP1的患者抗PD-L1治疗响应率低、生存预后差，同时提出二者相互作用调控结直肠癌微环境的工作模型。
2026-03-07 19:27:43
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原创 转录组数据分析实战，仅需99元（视频版）
完成本门课程，学员无需写代码，即可完全基于 Galaxy 生信云平台进行 RNA-seq 数据分析，包括上游表达量矩阵的获得和下游发表级统计图表制作。用户可以借助 R 语言完成，平台也提供了非常丰富的转录组下游分析工具，以下仅列出一些常用的。不同于传统生信培训，本课程的特色是零代码。本课程的价值在于将转录组数据分析从原始数据开始，到发表级图表所涉及的流程工具全部讲清楚，让学员告别网上杂乱无章的零散教程。2025 年 8 月，我们推出了基于 Galaxy 平台的转录组数据分析实战课程，得到了学员的一致好评。
2026-03-06 14:39:49
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原创 生信入门必看：这篇泛癌 TAM 研究（bullk+scRNAseq+snRNAseq+空转），把数据分析流程讲透了！
后续分析肿瘤基因型、组织部位等因素对TAM组成的影响，并利用1446例免疫检查点抑制剂治疗患者的批量RNA测序数据，分析TAM亚群与治疗响应的关联，同时结合空间转录组数据验证关键TAM亚群的组织分布与细胞间相互作用，最终将新的口腔癌单细胞数据集映射至该图谱，验证其参考价值。该研究构建了目前较为全面的泛癌种TAM单细胞转录组图谱，突破传统M1/M2分类的局限性，鉴定出多个新的TAM亚群并明确其特征与功能，揭示了肿瘤内在基因型和外在微环境对TAM表型的共同调控作用；进群交流请先加 usegalaxy 为好友。
2026-03-05 21:18:28
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原创 90万单细胞+空间转录组：Nature子刊手把手教你拆解肺癌免疫微环境
研究聚焦肿瘤相关巨噬细胞的分子变化，发现其存在胆固醇外排、铁外流的转录特征，并呈现胚胎样的转录重编程，同时揭示肺腺癌和肺鳞癌在免疫检查点抑制剂共表达、细胞间相互作用网络上的差异，构建了高分辨率的肿瘤相关巨噬细胞分子图谱。肺癌是全球癌症相关死亡的首要原因，非小细胞肺癌作为最主要的亚型，其肿瘤微环境中各类细胞的相互作用始终是研究难点。1. 构建了目前规模较大的非小细胞肺癌单细胞和空间转录组图谱，揭示了肿瘤和癌旁组织的细胞组成及异质性特征，发现了兼具髓系和上皮特征的CAMLs细胞的分子和遗传学特征；
2026-03-04 20:00:26
298
原创 Cell子刊！单细胞+空间转录组实战参考（自测+公共数据挖掘）：甲状腺癌标志物筛选的生信研究思路
本研究针对甲状腺癌进展的不同阶段（癌旁组织PT、乳头状甲状腺癌PTC、局部晚期PTC LPTC、未分化甲状腺癌ATC），联合空间转录组（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，系统分析了TME的空间异质性、甲状腺细胞亚群的演化轨迹、肿瘤前沿区域的细胞分子特征及细胞间通讯网络，并明了确SERPINE1+成纤维细胞与甲状腺癌恶性进展及预后的关联。FDR<0.05或p<0.05视为差异有统计学意义。图4：甲状腺细胞演化轨迹分析识别出3个元簇，各元簇周围的基质细胞和免疫细胞组成存在阶段特异性差异。
2026-03-01 20:02:09
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原创 Nature Communications|自测+13个单细胞公共数据集，关联TCGA bulk数据与临床预后，并构建二次泛癌图谱来验证落地
多数亚群同时表达两种表型的基因，而且通过分化轨迹分析，理清了单核细胞向巨噬细胞、树突状细胞的分化路径，TREM2高表达的Mac_AgPres和Mac_LA是分化终点的关键表型。：单核细胞能分成6个亚群，经典单核细胞（CD14+）按FOS基因表达，又分成两个状态——一个多在血液里，一个多在淋巴组织和正常组织里，两者都和Toll样受体激活有关。1. 绘出了目前较全面的泛癌髓系细胞图谱，打破了巨噬细胞M1/M2的简单分类，说清了髓系细胞的高度异质性——同一类细胞在不同癌种、不同微环境里，功能可能完全不同。
2026-02-28 20:02:22
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原创 Cell Reports|单细胞+ATAC+bulk+16S+宏基因组+代谢组多组学结合功能验证揭秘反刍动物瘤胃的“生存密码”
为解答这些问题，研究团队选取了食叶型的狍鹿、中间型的梅花鹿、食草型的绵羊作为研究对象，通过多组学技术解析11个瘤胃区域的微生物群落和代谢产物，同时探究腹侧瘤胃上皮细胞的分子特征，最终找到微生物代谢物（尤其是维生素B₁₂）和关键基因调控上皮细胞生长分化的机制，为提升反刍动物生产性能提供新方向。：5只4岁雄性狍鹿、梅花鹿、绵羊，统一喂两个月全混合日粮后屠宰，保证饮食一致，排除饮食干扰。瘤胃是反刍动物消化纤维的关键器官，但不同食性的反刍动物，瘤胃里的微生物分布、代谢特点，以及上皮细胞的结构功能是否存在差异？
2026-02-27 20:51:08
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原创 10种癌症、85万细胞：学习单细胞+Bulk+空间多组学经典之作的生信分析思路（附代码）
研究通过单细胞转录组测序（scRNA-seq）进行初步发现，结合批量转录组（Bulk RNA-seq）进行临床预后验证，最后利用空间转录组（ST）和多重免疫荧光（mIF）技术在组织原位观察细胞间的相互作用。连续变量的比较采用 Wilcoxon 秩和检验或 Mann-Whitney 检验。通过scRNA-seq绘制泛癌TME景观，鉴定出34个TME相关集群，构建了包含855,271个细胞的泛癌单细胞图谱，明确成纤维细胞、淋巴细胞、髓系细胞、内皮细胞和浆细胞这五大细胞组分及部分集群的癌型富集和临床关联。
2026-02-26 20:04:16
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原创 45个器官，2900万细胞：跟着WEHI的Mangiola S团队学习单细胞免疫图谱跨族裔跨器官标准化分析的系统逻辑
该工作建立了一个标准化的健康人体免疫系统基准，并利用多级建模方法定量分析了免疫细胞组成及转录谱随年龄、性别和族裔变化的规律。通过对2900万个细胞的跨维度分析，它证明了衰老和性别并非以单一模式改变免疫系统，而是具有强烈的组织特异性。此外，研究强调了当前数据对非欧洲裔人群覆盖不足的问题，为更公平的精准医疗提供了数据支撑。即便对于健康人群，免疫系统的细胞分布和基因表达也不是一成不变的，年龄、性别和族裔在其中发挥了复杂的调节作用。扩展）来评估细胞组成的变化，以校正技术平台和研究背景产生的随机效应。
2026-02-25 20:02:40
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原创 生信进阶实战：scRNA-seq+Stereo-seq，Cell子刊拆解皮肤修复的多组学交互网络
研究人员利用多重成像、空间转录组学和单核RNA测序技术发现，含有修复型胶质细胞的外周神经在急性皮肤伤口中形成了一个促修复生态位，该生态位与巨噬细胞和增殖的成纤维细胞紧密互作。2026年1月8日，《Cell Stem Cell》杂志在线发表了苏黎世大学Lukas Sommer团队的研究成果，该研究发现外周神经中的修复型胶质细胞在伤口早期形成了促修复生态位，通过分泌单核细胞趋化蛋白来调控免疫反应。修复型胶质细胞通过分泌趋化因子，在时间与空间上协调了炎症反应的启动，这对于后续的组织增生和重塑至关重要。
2026-02-24 20:00:33
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原创 单细胞 RNA-seq 实战：5 步搞定重编程研究！代码全，生信新手友好
2026年1月9日，《Scientific Reports》发表了韩国首尔国立大学团队的研究，他们发现下调PTBP1基因可诱导人类皮肤成纤维细胞直接重编程为神经元，还通过单细胞RNA测序搞清楚了这一过程的分子机制和细胞异质性。不仅发现了重编程过程中细胞命运的分支路径，还找到了6个调控神经元成熟的关键转录因子，为优化人类细胞直接重编程策略、开发神经退行性疾病模型提供了重要的实验依据和分子靶点。研究人员想弄明白，这个重编程过程中细胞命运是怎么转变的，有哪些分子特征，还有为什么有些细胞没法成熟为神经元。
2026-02-23 20:00:40
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原创 Nature Aging|代码全公开！scRNA-seq + snRNA-seq肌肉衰老图谱深度解析。 文中“生信发现-实验验证”的闭环思维值得研究
该研究首次整合scRNA-seq与snRNA-seq技术，构建了全面的人类骨骼肌衰老细胞图谱，揭示了MuSC衰老的双重机制（核糖体生物发生缺陷、NF-κB/CCL2炎症通路激活）、肌纤维衰老的补偿机制（慢肌向快肌核转换、MYH8+肌细胞介导再生）及NMJ衰老的保护机制（NMJ辅助细胞核扩张），明确了衰老肌肉微环境的炎症特征及跨物种保守规律。• 分析方向：细胞类型注释、年龄相关细胞组成变化、MuSC衰老机制、肌纤维亚型动态、神经肌肉接头（NMJ）变化、微环境炎症特征及跨物种衰老共性分析。
2026-02-22 23:59:18
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原创 一篇文章掌握多组学分析（每个图都有代码）：WES+单细胞（snRNA-seq、snATAC-seq）+蛋白质组+空间转录组+空间代谢组
ArchR整合snRNA-seq和snATAC-seq数据，进行 motif富集和足迹分析。此外，研究者还对选定的样本进行了单细胞核RNA测序（snRNA-seq）、单细胞核ATAC测序（snATAC-seq）、空间转录组学（Visium）及空间代谢组学（AFADESI-MSI）分析。该研究通过全面的多组学分析，揭示了ccRCC的亚型特征及代谢重编程机制，明确了DCCD-ccRCC亚型的不良预后价值，为ccRCC的精准分型和个体化治疗提供了重要依据，也为后续相关研究提供了多组学联合分析的范式。
2026-02-21 19:38:52
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原创 200 万细胞、300+样本、55 个细胞亚群 （scRNA-seq+TCR/BCR+蛋白FB）：单细胞生信入门的典范
2023年12月12日，《Immunity》杂志发表了华盛顿大学医学院Maxim N. Artyomov团队的研究，该研究通过大规模单细胞分析，揭示了健康人群血液中12种随年龄变化的免疫细胞亚群，包括2型记忆T细胞的积累和NKG2C+GZMB⁻CD8+记忆T细胞的减少。该研究构建了健康人群血液免疫细胞衰老的单细胞图谱，发现了新的年龄相关免疫细胞亚群，揭示了衰老过程中免疫系统向2型免疫偏移的特征，为理解健康衰老的免疫机制提供了全面资源，也为年龄相关疾病的免疫干预提供了潜在靶点。有些疾病的发病风险也随之改变？
2026-02-20 20:49:55
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原创 从0到1学生信：结直肠癌单细胞NC大作（Bulk+单细胞+空间转录组）！15个数据集，6种患者分层（附代码）
该研究通过对约200名捐赠者的单细胞转录组数据进行整合，系统描绘了结直肠癌肿瘤微环境的异质性，并根据细胞组成将患者分为六种具有不同免疫逃逸机制的类型。此外，通过关联全基因组关联分析（GWAS）的风险基因，研究确定基质细胞是结直肠癌遗传易感性的主要效应细胞。将单细胞识别出的基因特征（Signatures）映射至空间转录组数据，通过计算相对评分和 colocalization 分析，验证细胞群落（如TLS）的空间分布及其功能组分；该研究通过构建结直肠癌的大规模单细胞图谱，提供了肿瘤微环境异质性的深度解析。
2026-02-19 22:28:21
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原创 120万细胞大整合（自测+公共数据）：scRNA-seq 构建乳腺细胞图谱的完整思路（附生信复现资源）
使用CellRanger进行条形码分配、解复用和UMI定量，通过Vireo区分 spike-in细胞，借助DropletUtils识别有效细胞，利用Scrublet结合过聚类方法去除双细胞，经过质量控制筛选出801,360个细胞用于后续分析。该研究构建了全面的人类乳腺细胞图谱，明确了年龄、生育史和BRCA1/2基因突变对乳腺细胞组成和状态的影响机制，发现了BRCA1/2突变携带者乳腺组织中免疫耗竭的早期特征，为乳腺癌风险评估、早期检测和预防策略的开发提供了重要的理论基础和资源支撑。
2026-02-17 20:00:24
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原创 生信代码超全，配色超赞！值得好好学习：Nature Communications单细胞经典之作（bulk+scRNA-seq+WES）
本研究首次在单细胞分辨率下系统解析了胰腺癌原发灶与配对肝转移灶的肿瘤微环境差异，明确了转移灶中免疫抑制微环境的形成机制，鉴定出RGS5+CAF、CCL18+LAM3、S100A8+中性粒细胞等关键促转移细胞亚型及LITAF等分子标志，为开发转移性胰腺癌的靶向治疗和免疫治疗策略提供了重要的理论基础和潜在靶点。整合Yang et al.、Peng et al.的公共bulk RNA-seq数据集，用CIBERSORTx算法估算不同细胞亚型的相对丰度，同时验证单细胞测序发现的标志基因在批量数据中的表达模式。
2026-02-16 20:00:36
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原创 Nature Communications|bulk+scRNA+TCR-seq，揭秘肝内胆管癌联合治疗耐药关键（附Python代码）
本研究聚焦肝内胆管癌（iCCA）的GOLP联合治疗（吉西他滨+奥沙利铂+仑伐替尼+抗PD1抗体），通过单细胞测序等技术，分析治疗前后肿瘤微环境的细胞动态变化，识别预测治疗响应的细胞亚型及分子机制，为优化iCCA治疗方案提供理论依据。图6：GOLP治疗后CD8+T细胞克隆扩增，CD8增殖型细胞→CD8 GZMB+细胞→CD8 GZMK+细胞的转化与良好治疗响应相关；图2：单细胞测序鉴定出12种细胞类型，GOLP治疗后T细胞、髓系细胞和成纤维细胞比例升高，部分细胞亚型与治疗响应相关；
2026-02-15 20:00:20
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原创 原始数据与生信代码全公开：bull+scRNA+TCR-seq揭示肿瘤早期免疫逃逸的分子图谱
本研究通过对原发灶和配对的转移淋巴结进行单细胞转录组及TCR测序，识别出了原发灶中存在的“预转移”肿瘤细胞，并发现了驱动这一过程的关键通路及其诱导CD8+ T细胞功能障碍的机制。揭示CD8+ T细胞功能障碍的双重轨迹及克隆动态变化；• 通过Cellchat构建肿瘤-免疫互作网络，重点分析预转移细胞分泌的配体如何影响T细胞功能，挖掘预转移癌细胞与CD8+ T细胞的配体-受体通路。：研究界定了原发灶与转移灶的单细胞景观，发现转移灶中B细胞和树突状细胞比例较高，而原发灶中癌症相关成纤维细胞（CAFs）较多。
2026-02-14 20:00:42
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原创 单细胞+空间转录组+ChIP-seq：这篇Nature研究在分析思路、方法学选择以及证据链构建方面均具有极高的学习价值
2024年7月10日，《Nature》在线发表了由重庆大学三峡医院尹明珠团队领衔的研究，该研究构建了一个包含31种癌症类型、约20万个细胞的肿瘤血管单细胞图谱，揭示了肿瘤血管生成起源于静脉内皮细胞的动态过程。本研究构建了全面的肿瘤血管单细胞图谱，阐明了肿瘤血管生成的细胞起源和分化规律，鉴定出APLN+TipSI细胞、BASP1+周细胞等具有临床价值的靶点，为抗血管生成治疗的患者筛选、疗效预测提供了新依据，同时为肿瘤血管生物学的深入研究提供了数据资源和分析框架。进群交流请先加 usegalaxy 为好友。
2026-02-13 20:04:21
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原创 公共数据挖掘！18万单细胞，41个数据集，手把手拆解Immunity跨组织（13种）、多组学联合（scRNA+CITE-seq）分析的研究思路
研究团队进一步构建了专注于单核细胞和巨噬细胞的子图谱（MoMac-VERSE），识别出跨组织分布的专业化细胞亚群，并揭示了它们在癌症和炎症中的病理性扩增。杂志发表了 Florent Ginhoux 和 Charles-Antoine Dutertre 团队的研究成果，该研究整合了海量单细胞转录组数据，构建了人类单核吞噬细胞的跨组织图谱，并定义了在健康和疾病状态下保守的基因特征。建立 MoMac-VERSE 图谱，识别出不同组织间单核细胞和巨噬细胞的保守状态，并揭示了癌症与炎症环境下的整体重编程特征。
2026-02-12 20:51:00
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原创 15万单细胞、19种实体瘤：系统学习血管内皮细胞泛癌的单细胞与空间转录组联合分析思路
本研究整合19种实体瘤的单细胞RNA测序数据，构建泛癌内皮细胞图谱，解析肿瘤内皮细胞（TECs）的组成与功能异质性，明确其在肿瘤与非肿瘤组织中的表型差异，探究其与抗血管生成治疗（AAT）和免疫检查点阻断（ICB）疗效的关联，为靶向TECs的治疗策略提供依据。进行转录组差异分析，筛选各亚群特征基因；图2：揭示内皮细胞亚群的表型异质性， angiogenesis、胶原形成及白细胞-内皮粘附功能存在差异，E02-tip-CXCR4 与血管生成相关，E06-veins-SELE 与炎症及T细胞浸润相关；
2026-02-11 21:21:25
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空空如也
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