R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集

clusterProfiler没有显性的接口，但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数。

核心函数就是get_GO_data

GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 　　

可以看到输入的是GO数据库，选定类别，基因名字类型，输出的就是整个数据库。

但是想调用这个函数没那么简单，得导入一系列的基础函数。

 

一个常见的任务就是获取GO数据库里所有的cell cycle相关的基因，这需要从我们的基因集里移除。

有了这个函数，我们就可以这么做了，两句R代码搞定。

cellCycleGO <- names(GO_DATA$PATHID2NAME[grep("cell cycle|DNA replication|cell division|segregation", GO_DATA$PATHID2NAME)])

cellCycleGene <- unique(unlist(GO_DATA$PATHID2EXTID[cellCycleGO]))

print(length(cellCycleGene))