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个人简介：想学习python和R的医学生

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专栏二十三：Python读取和分析空间数据的经验杂谈

部分情况同样适合的分析结果。
原创
发布博客 2024.12.24 ·
276 阅读 ·
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R语言读取hallmarks的gmt文档的不同姿势整理

不同格式各有所用。
原创
发布博客 2024.12.18 ·
238 阅读 ·
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【特别踩坑】squidpy或者scanpy读取空间数据出现名称错乱

解决读取空间数据时的id异常
原创
发布博客 2024.12.17 ·
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R语言实用技巧--用get函数配合dplyr包传参

利用get函数，这样就可以在一开始把变量设置好，在后面优雅的传参了。
原创
发布博客 2024.12.02 ·
323 阅读 ·
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【特别踩坑】windows系统下zerotier客户端，无ui界面，或显示waiting for zerotier system service，或命令行代码无反应，或连接失败

zerotier登录错误/无UI界面/显示连接中
原创
发布博客 2024.11.12 ·
318 阅读 ·
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专栏二十三：Palantir与cellrank合用推断细胞命运

两个软件联手，Palantir计算命运，cellrank进一步推断。主要适用于无法获得原始单细胞数据时的推断。
原创
发布博客 2024.10.23 ·
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专栏二十二：项目代码-cellphoneDB

cellphonedb项目代码（自建库）
原创
发布博客 2024.10.23 ·
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解决SCopeLoomR包build_loom函数报错Error in if (class(x = dgem) == “dgTMatrix“)

主要出现在利用seurat等方法构建loom文件的时候，报错信息。
原创
发布博客 2024.10.22 ·
179 阅读 ·
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专栏二十一：在单细胞分析中将R语言和Python串联

主要包括两大部分：R中用Python和将R中的内容导入Python进行后续分析。
原创
发布博客 2024.10.11 ·
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专栏二十：如何选择你的单细胞亚群的分辨率--ROGUE

ROGUE这是继chooseR后第二个计算单细胞亚群分辨率的内容，其实关于代码的运行很简单，网上已经有不少教程，重复这些就没意思了，这里主要是结合探讨一下这个算法。
原创
发布博客 2024.10.11 ·
244 阅读 ·
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专栏十九：单细胞大数据时代--用scvi和scanpy分析与整合数据

scvi多数据集，多样本整合。慢更ing，主要是记录自己在分析中的一些困惑。
原创
发布博客 2024.10.08 ·
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专栏十八：获取差异基因以后对差异基因的选择和利用如gsva基因集评分

这里主要针对的是单细胞测序seurat流程的选择，比如要画出如下的差异基因dotplot，第一步就需要过滤和提取基因。因为在FindAllMarkers函数计算以后，实际上有一些P值和pct值不符合我们要求的，这里简单写一下在FindAllMarkers函数后的常见pipline，包括常规的过滤，以及为后续的TCGA-gsva等方法做准备。
原创
发布博客 2024.08.22 ·
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专栏十七：如何选择你的单细胞亚群的分辨率--chooseR

单细胞测序Seurat的res选择--chooseR的方法
原创
发布博客 2024.08.14 ·
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专栏十六：bulk以及单细胞空转中的progeny通路分析

Progeny通路富集分析的使用
原创
发布博客 2023.12.19 ·
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专栏十五：omicverse在单细胞分析中的实际使用体验和小改动

实际使用omicverse的一些体会
原创
发布博客 2023.12.11 ·
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服务器账户没有conda权限-NotWritableError: The current user does not have write permissions to a required path

解决conda环境权限不足的问题
原创
发布博客 2023.12.11 ·
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专栏十四：基于Seurat的单细胞质量控制时过滤参数的部分总结思考

单细胞10X测序中对质控指标的部分思考和总结
原创
发布博客 2023.12.10 ·
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专栏十三：单细胞将亚群metadata信息返回至大群当中/提取和删除亚群/新增assay/python和R/Seurat和Scanpy

很常见的需求，比如我提出大群中的成纤维细胞，再分群为FIB1 FIB2 FIB3，现在需要把这部分注释信息返回到大群。
原创
发布博客 2023.12.05 ·
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专栏十二：单细胞空间转录组四种常见的不同整合pipline

总结几种常见的单细胞整合方式，不同的数据可能有不同的效果
原创
发布博客 2023.10.10 ·
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专栏十一：基因集和siganture的jaccard相似系数计算

jaccard系数在生信中的使用--基因集相似性
原创
发布博客 2023.09.22 ·
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