变量转为data_基于Lasso回归筛选变量构建Cox模型并绘制Nomogram

最新推荐文章于 2024-04-24 03:02:43 发布

嵇海龙

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文章标签：变量转为data

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_30298279/article/details/112586437

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本文介绍了如何基于Lasso回归筛选变量，构建Cox生存模型，并通过绘制Nomogram图进行个体生存概率预测。在案例研究中，分析了83例癌症患者的数据，探讨了年龄、性别、癌症分期等因素对生存期的影响。最终，模型的区分度（C-index）为0.554，提示模型一般，建议纳入更多影响因素以提升预测准确性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

01 研究背景

本章是基于Lasso回归筛选变量后，构建Cox回归临床预测模型，并绘制Nomogram图。Cox模型是一种半参数模型，该模型以生存结局和生存时间为因变量，分析多个因素对生存期的影响，常用RR来量化这种结果，绘制Nomogram列线图实现个体预测。有关Lasso回归可见公众号前文章介绍。

02 案例研究

本文数据收集了83例癌症患者的生存资料，包含患者年龄、性别、癌症分期等。研究目的探讨癌症患者生存情况的影响因素并构建预测模型。临床研究一般有提供多个危险因素，首先做单因素的筛选，具体筛选方法，见公众号之前的文章。本文采用Lasso回归筛选因素。

具体分析步骤是①筛选变量②基于这些变量构建模型③绘制Nomogram图，预测不同时间生存概率。③计算模型c_index(区分度)该步骤用神包rms一步实现。接下来直接上代码。

03 R代码及解读

##加载包 明确每个包的作用
library(glmnet) ##Lasso回归
library(rms)  ## 画列线图；
library(VIM) ## 包中aggr()函数，判断数据缺失情况
library(survival) ##  生存分析包
#读取数据集
dt <-read.csv("cancer.csv")