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有了这些工具,不会编程也能做生信 随着组学研究日趋成熟与完善,生物信息学数据可视化显得尤为重要!不会R语言的小白该如何绘制炫目多彩的生信相关图片呢?今天半夏给大家分享一些免费、实用的生信数据可视化与模式图、流程图绘图神器给大家! 在线神器的 优点 有: 1. 免费且不依赖电脑操作系统、无需安装,一个浏览器即可实现高质量的绘图; 2. 无需编程基础,阅读说明即可绘图; 3. 可绘制图像种类多,可导出矢量图; 4. 高效,节省时间。1
微生信在线生物信息学数据可视化 微生信目前能做文献中常见的50多种生信相关矢量图,其网址为:http://www.bioinformatics.com.cn/ 。 微生信可以绘制多种图形,界面左侧显示能作的图形种类,右侧是具体图形: 微生信能够作的生信图形种类实在太多,我给大家举几个例子抛砖引玉! (1)聚类热图 点击聚类热图进入绘图界面: 输入数据,首行为group名字,第二行为样品名字,其余为数据(其中第一列是基因名),设置图像大小、字体大小: 设置聚类热图的其他参数,点击提交即可得到漂亮的聚类热图: 得到的热图如下,保存图片时默认svg矢量图,在生成的图上点击鼠标右键,在弹出的窗口中选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改): (2)GO富集弦图(GO chord plot) GO富集弦图是富集分析结果的一种常见展示图形,R GOplot包可绘制GO富集弦图。 打开GO富集弦图绘图模块,输入数据。 数据包括3部分,第一列是基因,最后一列是logFC,即基因的变化倍数,用于排序及基因块颜色(若没有logFC,程序会自动添加,基因色块用灰色),其余列是GO term,其中1表示该基因在这个GO term中,0表示不在。