Ubuntu下LAMMPS的安装与测试

注：安装环境：Ubuntu 16.04 LTS，LAMMPS-14May16，MPICH3.2，FFTW3.3.4，VMD1.9.3

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款经典的开源分子动力学软件，对于求解凝聚态材料、软物质等体系效率很高，在材料模拟领域有很广泛的应用。本文主要介绍LAMMPS的单机版、并行版以及超算中心集群上的安装。

1 LAMMPS单机版安装

解压后 cd lammps-14May16/src
打开Makefile.serial，目录为lammps-14May16/src/MAKE/
下面的几行的意思是为计算机搭建一个虚拟的MPI库STUBS

MPI_INC =       -I../STUBS 
MPI_PATH =      -L../STUBS
MPI_LIB =   -lmpi_stubs

单机版安装很简单，在src目录下输入命令make serial，可以发现生成了lmp_serial可执行文件，然后进入example/shear目录测试一下，在in.shear文件中寻找下面这一行：

#dump       1 all atom 100 dump.shear  

删掉#后运行../../src/lmp_serial < in.shear，将会生成dump.shear文件，之后将会用它来进行可视化。

2 LAMMPS并行版安装

首先下载安装FFTW3和MPICH3，后者可以用OpenMPI替代。

安装FFTW3.3.4
默认FFTW会安装到/usr/local/下，但是安装目录可以改变./configure --prefix=/home/foo/fftw

chmod +x configure
./configure
make
sudo make install

安装MPICH
进入解压后的文件夹后

mkdir /home/foo/mpich-install
./configure --prefix=/home/foo/mpich-install 2>&1 | tee c.txt
make 2>&1 | tee m.txt
sudo make install 2>&1 | tee mi.txt

安装好了mpich以后需要设置环境变量，在用户目录下输入gedit .bashrc，在最后添加下面两行，保存后输入命令source .bashrc即可

PATH=/home/foo/mpich-install/bin:$PATH ; export PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$PATH:/home/foo/mpich-install/lib

输入which mpicxx，看看返回的是不是正确的路径，如果正确的话说明安装成功。

现在必要的软件都安装好了，假设你之前安装过单机版的LAMMPS，首先进入lammps-14May16/src目录清理一下sudo make clean-all。如果有特殊需求，那么在安装lammps可执行文件之前要先安装一些额外的包，如在正式编译之前输入这样的命令make yes-class2 yes-rigid yes-shock，即首先要安装class2、rigid、shock包。这些包的安装比较简单，但还有一些包的安装需要额外的库，如果在实际科研中用到，参考Manual安装即可。

编译LAMMPS
注：编译的时候Makefile里的编译器选项如果设置成mpicxx的话，后面的MPI相关选项就可以不必设置
下面是简便的编译方案——在MAKE/OPTIONS目录里面寻找Makefile.g++_mpich和Makefile.fftw这两个Makefile，把后者设置fftw的部分整体复制到Makefile.g++_mpich里的对应位置（如果前面修改了fftw的安装目录，则要做必要的修改），将这个文件复制到MAKE/MINE里面，修改文件名为Makefile.foo

回到src目录，命令行输入sudo make foo -j 4，注意这里的foo即为Makefile.xxx的后缀（我用了4个核来编译，可以在make后紧接着加-j N来表示使用N个核编译，如果顺利的话，可以生成lmp_foo可执行文件

将LAMMPS添加到环境变量
不想在以后调用lammps求解时都得输入绝对路径，那就把它加到环境变量里吧（参考上面的添加方法）：

PATH=/home/foo/lammps-14May16/src:$PATH ; export PATH

测试一下

cd ../examples/shear/

在in.shear文件中寻找下面这一行，并将前面的#删掉：

#dump       1 all atom 100 dump.shear

运行mpiexec -n 4 lmp_foo < in.shear，顺利的话可以生成dump.shear文件。

其他莫名其妙的错误
大多数错误都源自于少了某些依赖包（看到那些红色的fatal error尤其可能），使用sudo apt-get + Baidu就可以解决大部分问题，因此不必慌乱。

3 LAMMPS集群安装

在一般的超算平台上编译，需要ssh到编译节点，例如ssh gs0110，然后在用户节点下编译fftw

如果计算中心节点有openmpi并行环境，修改Makefile.g++_openmpi文件，把fftw3的标识路径按照Makefile.fftw的形式修改为自己安装的路径。最后修改Makefile.g++_openmpi文件名为Makefile.foo

进入src文件夹，make foo -j 12

4 使用VMD可视化

计算完了，看着命令行飞速的闪过一行行的数据，很过瘾吧:P。可是计算完了以后呢？LAMMPS到底干了些什么？这就需要进行可视化，把计算结果用图片或者动画的形式形象的展现在我们的眼前，下面我就用前面产生的dump文件，用VMD来进行可视化操作。

进入VMD网站，提示还要注册，没关系。下载一个对应于自己计算机的压缩包，我下载的是vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz。进入文件夹后，注入命令./configure会提示你输入在后面加上LINUXAMD64（或别的类似的），因此安装流程如下：

cd vmd-1.9.3
./configure LINUXAMD64
cd src
sudo make install

安装成功以后直接在命令行里输入vmd就可以将程序调出来，选择New Molecule，然后导入我们之前计算得到的dump.shear文件，记得在Determine file type一栏选择LAMMPS trajectory选项。

导入以后，可以得到这样的构型，拖动main对话框下面的滑动条就可以看到体系的剪切行为，大功告成！

5 MD相关资源推荐

对刚刚接触这一个领域的初学者而言，一些指引是很有必要的。我就把我觉得有用的资源贴在这里，以后也会经常更新，供需要的同学参考。

祝大家学习愉快，以后的科研生活步步顺利！

软件：

• VMD：不用多说了吧，很强大的一款后处理软件。
  
• Atomeye：MIT的一位博士自己写的，通过一些指令来实现可视化操作，使用起来很方便。
  
• Avogadro：界面很友好，开源的，在Ubuntu下需要安装各种各样的依赖软件，我没弄成功，所以在Windows里使用。我感觉和Materials Studio有点类似，直接能够建立分子甚至DNA双螺旋结构。
  
• EMC：主要用来建立随机结构。
  
• Packmol： 命令很简单，用于建立分子随机排布效果挺好的。
  
• moltemplate：很强大，我用的很多。可以按照自己的想法来建立模型，没有图形界面，主要通过代码式的操作，因此需要和VMD等联合起来使用。
• OVITO：全平台的可视化软件，Windows和Ubuntu中都可以使用，操作简便。

资料：

• 用matlab写一个100行的分子动力学模拟程序：大神写的MATLAB程序，可以参考着理解MD算法。
  
• 《计算化学——从理论到分子模拟》 陈敏伯 著
  
• 《分子模拟的理论与实践》 陈正隆 著

转载于:https://www.cnblogs.com/longfish/p/6815532.html