对着网上教程在ubuntu上安装lammps总是有很多问题,看了好多资料终于成功安装了,在这里留个教程,避免大家和我一样花大量时间找解决办法。
一、安装基础包
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install make
sudo apt-get install camke
#用于clone git的项目
sudo apt install git
二、下载安装MPICH
#mpich--4.1.2,也可以去官网下载其他版本
wget https://www.mpich.org/static/downloads/4.1.2/mpich-4.1.2.tar.gz
下载完成后解压压缩包,
tar xvf mpich-4.1.2.tar.gz
进入文件夹,
cd mpich-4.1.2/
configure命令安装,
#configure安装,可以在后面增加--prefix=/路径位置 指定安装位置
./configure
#这一步需要很长时间
sudo make
sudo make install
mpich安装完成。
三、下载安装LAMMPS
使用cmake的方式安装LAMMPS,推荐去git下载源文件夹,如果直接去官网下的LAMMPS是不含cmake文件夹的,命令为:
git clone https://github.com/lammps/lammps.git
不过git需要梯子,这里我推荐使用码云clone git的项目,毕竟国内镜像快,码云克隆github的教程如下:如何将 GitHub 项目导入码云?一步搞定! – Gitee 官方博客
1、仓库url为: https://github.com/lammps/lammps.git 配置图如下:
2、克隆完成后复制此处的链接
回到虚拟机,进入终端输入:
#后面的地址改成自己的,用我的也可以
git clone https://gitee.com/jackwy6/lammps.git
下载完成后直接就是一个文件夹,进入LAMMPS目录鼠标右键打开终端。
接下来安装LAMMPS:
#创建build文件夹
mkdir build
#进入build文件夹
cd build
cmake ../cmake
# -j可以加快速度
sudo make -j
#安装
sudo make install
LAMMPS安装完成,我们成功一半了,接下来安装依赖包,
注意:lammps默认安装3个依赖包,MANYBODY,KSPACE,MOLECULE(但是我没有。。) ,所以需要在/lammps/src 文件夹下分别输入指令:
# 查看依赖包状态
make package-status
# 安装***依赖包
make yes-***
#删除***依赖包
make no-***
注:需要其他依赖包就输入make yes-xxx 再make mpi
所以我们需要输入以下指令:
make yes-MANYBODY
make yes-KSPACE
make yes-MOLECULE
sudo make mpi #编译
#编译完成后会生成可执行文件,filename为可执行文件的名称。如lmp_mpi
whereis lmp_mpi #查找可执行文件lmp_mpi的路径,该路径就是lammps的环境变量路径
sudo cp lmp_mpi /usr/local/bin #将src中生成的可执行文件lmp_mpi复制并覆盖到环境变量路径中(此处通过whereis查找得到路径为/usr/local/bin)
#不复制lmp的话会报错,显示文件不存在
到这里我们再对bashrc文件添加一个路径,我们就不用每次都输入绝对路径了。
桌面打开终端输入:
vi .bashrc #不会使用vim的话换成gedit也可以
在最后添加:
export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/md/lammps/src:$PATH
# include后面是自己lammps的src路径,大家按照自己安装的的位置来改
更新配置:
source .bashrc
至此,我们安装完成。
四、测试
这里我就直接使用博主代码了,测试过程没什么好写的。
#进入shear文件夹
cd lammps/lammps-3Mar20/examples/shear
#
vi in.shear
取消注释:#dump 1 all atom 100 dump.shear,保存退出后运行测试。
注:vim界面按 i 是编辑模式,可以插入。编辑完成后按esc输入 wq 保存,不保存的话就输入q!(不要忘记感叹号)
运行:
mpirun -np 6 lmp_mpi < in.shear
- mpirun在/usr/local/bin下
- 6是cpu核数,可以根据自己的cpu核数指定
- lmp_mpi在/lammps/src下
- in.shear是需要计算的in文件
注:原命令应该是博主这样,太难输了,所以我先配置了bashrc文件。
测试结果:
最后会生成一个dump文件,我们就可以利用ovito进行可视化了。(我是利用filezila传回Windows进行可视化的,ubuntu安装ovito缺qt插件)。
参照文章我觉得有用的放下面了,大家有问题的话可以看看:
(24条消息) Ubuntu安装并行Lammps_lammps-3mar20.tar.gz_YuanbaoQiang的博客-CSDN博客