Ubuntu 22.04安装LAMMPS（CMAKE方式）

        对着网上教程在ubuntu上安装lammps总是有很多问题，看了好多资料终于成功安装了，在这里留个教程，避免大家和我一样花大量时间找解决办法。

一、安装基础包

sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install make
sudo apt-get install camke

#用于clone git的项目
sudo apt install git  

二、下载安装MPICH

#mpich--4.1.2,也可以去官网下载其他版本
wget https://www.mpich.org/static/downloads/4.1.2/mpich-4.1.2.tar.gz 

下载完成后解压压缩包，

tar xvf mpich-4.1.2.tar.gz

进入文件夹，

cd mpich-4.1.2/

configure命令安装，

 #configure安装，可以在后面增加--prefix=/路径位置  指定安装位置
./configure   

#这一步需要很长时间
sudo make     

sudo make install

mpich安装完成。

三、下载安装LAMMPS

        使用cmake的方式安装LAMMPS，推荐去ｇｉｔ下载源文件夹，如果直接去官网下的LAMMPS是不含ｃｍａｋｅ文件夹的，命令为：

git clone https://github.com/lammps/lammps.git 

不过git需要梯子，这里我推荐使用码云clone git的项目，毕竟国内镜像快，码云克隆github的教程如下：如何将 GitHub 项目导入码云？一步搞定！ – Gitee 官方博客

1、仓库url为： https://github.com/lammps/lammps.git 配置图如下：

 2、克隆完成后复制此处的链接

 回到虚拟机，进入终端输入：

#后面的地址改成自己的，用我的也可以
git clone https://gitee.com/jackwy6/lammps.git 

下载完成后直接就是一个文件夹，进入LAMMPS目录鼠标右键打开终端。

接下来安装LAMMPS： 

#创建build文件夹
mkdir build    

#进入build文件夹
cd build       

cmake ../cmake

# -j可以加快速度 
sudo make -j    

#安装
sudo make install    

LAMMPS安装完成，我们成功一半了，接下来安装依赖包，

注意：lammps默认安装3个依赖包，MANYBODY，KSPACE，MOLECULE（但是我没有。。） ，所以需要在/lammps/src 文件夹下分别输入指令：

# 查看依赖包状态
make package-status 

# 安装***依赖包
make yes-***    

#删除***依赖包
make no-***    

注：需要其他依赖包就输入make yes-xxx 再make mpi

所以我们需要输入以下指令：

make yes-MANYBODY

make yes-KSPACE

make yes-MOLECULE

sudo make mpi #编译

#编译完成后会生成可执行文件，filename为可执行文件的名称。如lmp_mpi
whereis lmp_mpi #查找可执行文件lmp_mpi的路径，该路径就是lammps的环境变量路径
sudo cp lmp_mpi /usr/local/bin  #将src中生成的可执行文件lmp_mpi复制并覆盖到环境变量路径中（此处通过whereis查找得到路径为/usr/local/bin）
#不复制lmp的话会报错，显示文件不存在

到这里我们再对bashrc文件添加一个路径，我们就不用每次都输入绝对路径了。

桌面打开终端输入：

vi .bashrc #不会使用vim的话换成gedit也可以

在最后添加：

export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/md/lammps/src:$PATH
# include后面是自己lammps的src路径，大家按照自己安装的的位置来改

更新配置：

source .bashrc

至此，我们安装完成。

四、测试

这里我就直接使用博主代码了，测试过程没什么好写的。

#进入shear文件夹
cd lammps/lammps-3Mar20/examples/shear
#
vi in.shear

取消注释：#dump 1 all atom 100 dump.shear，保存退出后运行测试。

注：vim界面按 i 是编辑模式，可以插入。编辑完成后按esc输入 wq 保存，不保存的话就输入q！（不要忘记感叹号）

运行：

mpirun -np 6 lmp_mpi < in.shear

• mpirun在/usr/local/bin下
• 6是cpu核数，可以根据自己的cpu核数指定
• lmp_mpi在/lammps/src下
• in.shear是需要计算的in文件

注：原命令应该是博主这样，太难输了，所以我先配置了bashrc文件。

 测试结果：

 最后会生成一个dump文件，我们就可以利用ovito进行可视化了。（我是利用filezila传回Windows进行可视化的，ubuntu安装ovito缺qt插件）。

参照文章我觉得有用的放下面了，大家有问题的话可以看看：

(24条消息) Ubuntu安装并行Lammps_lammps-3mar20.tar.gz_YuanbaoQiang的博客-CSDN博客

 Ubuntu安装lammps（make+cmake） - 知乎 (zhihu.com)

lammps报错情况汇总 - 知乎 (zhihu.com)